Covid-19 (Coronavirus-2019nCoV) et crise sanitaire

JIM - Traque des variants : de nouveaux outils pour le criblage, mais une organisation encore imparfaite

il y a 1 mois, par Info santé sécu social

Paris, le mercredi 3 février 2021

De façon regrettable, le manque d’anticipation s’observe encore une fois en France en ce qui concerne l’organisation de la surveillance des variants de SARS-CoV-2. Les décisions semblent prises dans la précipitation sans s’assurer qu’elles puissent être mises en œuvre par une logistique solide.

Criblage systématique

Ainsi, le 23 janvier, la Direction générale de la Santé envoie une nouvelle alerte aux praticiens : désormais tout test de dépistage de SARS-CoV-2 positif, devra être doublé d’une RT-PCR de criblage permettant de repérer différentes mutations caractéristiques des variants aujourd’hui en circulation et objets d’attention. Ce criblage se faisait originellement grâce aux tests RT-PCR Thermo Fischer pour le repérage probable du variant VOC 202012/01. Depuis de nouveaux kits plus performants ont été développés, notamment par les laboratoires Eurofins et ID-Solutions.

D’accord, mais comment ?
Si la préconisation de la DGS semble pertinente, en pratique, la mesure n’a pas pu être immédiatement systématiquement mise en œuvre. Les laboratoires de biologie manquaient en effet d’outils essentiels. Tous en effet, en tout cas pour l’heure, n’ont pas accès aux kits spécifiques, notamment parce que certains ne seront disponibles qu’à la fin de la semaine. Aussi, doivent-ils transférer leurs prélèvements aux plateformes équipées. Impossible cependant de les identifier facilement : le site du ministère de la Santé, révèle Libération, n’offrait pas de renseignement sur ces points. « Nous avons uniquement accès au nom du réactif et du fabricant, mais ne nous savons pas qui peut les faire », indique ainsi la présidente du Syndicat national des biologistes hospitaliers Carole Poupon. Ensuite, alors que les résultats positifs du criblage entraînent un traçage particulier, le logiciel Si-Dep n’avait pas encore été réactualisé en début de semaine pour inclure les résultats de cette deuxième lecture. Enfin, pour l’heure (mais la situation pourrait évoluer) cette surveillance concerne uniquement les dépistages faits pas RT-PCR et non les tests antigéniques.

Séquençage : les ravages de l’imprévision française
Du côté du séquençage, piétinements et confusion sont toujours la règle. Aujourd’hui, la DGS le préconise tout particulièrement pour les personnes testées positives revenant de l’étranger ou dans le cadre de l’investigation de clusters « dans des zones présentant une augmentation forte et inexpliquée du taux d’incidence ». Mais les opérations de séquençage sont toujours en difficulté en France et la lenteur avec laquelle les résultats complets de la première enquête flash conduite début janvier ont été obtenus en témoignent. L’objectif de 4 000 à 5 000 séquençages par semaine reste affiché, mais aujourd’hui moins de 2 000 sont réalisés.

La faute tout d’abord à une absence de pilotage : le plus grand flou persiste sur les plateformes publiques et privées intégrées dans le plan global. « Ce retard n’est pas dû à un manque de capacités. Mais aujourd’hui, la mobilisation repose sur quelques laboratoires. Il n’y a pas de réel effort national de structuration. Un travail est amorcé.

Heureusement, car sinon il sera impossible d’augmenter significativement le nombre de séquençage » relate dans Le Parisien, le professeur Mylène Ogliastro, vice-présidente de la Société française de virologie. La faute également à un manque de réactifs. « Nous revivons ce que nous avons connu il y a un an, avec des problèmes d’approvisionnement en matériel et en réactifs chimiques. On doit harceler les fournisseurs, diversifier nos achats… Sauf que cette fois ce n’est pas pour les tests PCR mais pour le séquençage », décrit Laurence Josset (Hospices civils de Lyon), dans le Monde. « Nous sommes sur un délai de dix jours à réception du bon de commande, nous faisons au maximum pour avancer cette livraison est le message que j’ai reçu d’un fournisseur le 1er février. Voilà les ravages de l’imprévision française. Cela fait un mois que nous disons qu’il faut faire des commandes groupées de kits de séquençage avant que la pénurie réelle n’apparaisse », s’indigne de son côté Philippe Froguel, professeur à l’Imperial College de Londres et au CHU de Lille. Comme beaucoup, il déplore que les différents appels lancés dès l’année dernière pour renforcer la dynamique de la surveillance génomique de la France n’aient pas été entendus. Sans doute, désespère-t-il à nouveau de constater que l’évolution épidémique lui donne encore raison.

Beaucoup remarquent pourtant que l’urgence est certaine : l’Assistance publique – hôpitaux de Paris (AP-HP) indique que sa dernière enquête de criblage montre que les variants représenteraient entre 15 à 20 % des cas positifs en Ile de France la semaine dernière (contre 6 % la première semaine de janvier).

Aurélie Haroche