PUBLIÉ LE 22 JUIN 2021 PAR MARC GOZLAN

Covid-19 : nouvelles données sur le variant Delta, dit « indien », en progression dans de nombreux pays

Identifié initialement en Inde, le variant Delta est désormais majoritaire au Royaume-Uni, où il représente environ 90 % des cas d’infection par le virus SARS-CoV-2. En date du 14 juin 2021, selon la base de données génomiques Gisaid, 61 autres pays étaient touchés par ce variant, anciennement dénommé variant indien (ou encore B.1.617.2, mais aussi VOC-21APR-02 ou G/478K.V1).

Sur les 9810 séquences génomiques de variant Delta répertoriées dans la base Gisaid, 3813 ont été communiquées par l’Inde, 2278 par les États-Unis, 692 par l’Allemagne, 354 par le Canada, 242 par Singapour, 217 par la Belgique, 166 par la Russie.

Selon les informations de cette base de données, de nombreux pays sont touchés par le variant Delta, notamment : Australie (164), Danemark (94), France (117), Indonésie (40), Irlande (141), Israël (37), Italie (143), Japon (178), Pays-Bas (88), Norvège (68), Pologne (63), Portugal (91), Espagne (183), Suède (36), Suisse (86), Thaïlande (88), Vietnam (68).

La propagation du variant Delta est problématique au Portugal. D’après les données disponibles sur Gisaid, sur les quatre dernières semaines, 77 % des contaminations seraient liées au variant Delta dans ce pays.

En Russie, près de 84 % des séquences déposées ces quatre dernières semaines correspondent au variant Delta. Ce chiffre est de 10,17 % pour les États-Unis, de 10,1 % pour l’Espagne, de 7,75 % pour l’Italie.

En France, l’ « enquête flash » de séquençage réalisée le 25 mai indique que le variant Delta a été retrouvé dans 1 % des prélèvements, contre 0,2 % lors de la précédente enquête du 11 mai.

Alors que le Royaume-Uni a séquencé plus de 49 000 génomes de variant Delta SARS-CoV-2, la France n’a déposé que 176 séquences de ce variant, dont 30 au cours des quatre dernières semaines, ce qui correspond à un taux de 1,3 % variants Delta.

Il importe de souligner que, depuis le 31 mai, les données de criblage des tests PCR positifs ne répertorient plus les variants en tant que tels mais des mutations « d’intérêt ». Parmi celles-ci, la mutation L452R, notamment présente dans le variant Delta, a été retrouvée dans 4,6 % des résultats. Dans la mesure où l’on considère que les deux-tiers des variants porteurs de la mutation L452R sont des variants Delta, le ministre de la Santé, Olivier Véran, a estimé que 2 % à 4 % des tests de criblage correspondent au variant indien.

Ces données sont cependant à interpréter avec précaution en raison de la montée en charge progressive de la nouvelle stratégie de criblage mise en place depuis le 31 mai. En effet, la semaine dernière, seulement 37,5 % des tests positifs avaient fait l’objet d’un criblage, tous les laboratoires n’étant pas encore équipés des nouveaux kits nécessaires. Enfin, on ne dispose pas de la possibilité de séquencer le génome du SARS-CoV-2 au sein d’un vaste échantillon de la population française, seul véritable moyen d’appréhender, à l’instar des épidémiologistes britanniques, l’évolution régulière de la prévalence du variant Delta dans les différentes régions du territoire national.

Croissance rapide du variant Delta en Ile-de-France

Publiée le 20 juin 2021 sur le site de prépublication medRxiv, une étude (non relue par les pairs) révèle une croissance rapide du variant Delta dans la région Ile-de-France. Samuel Alizon et ses collègues du CNRS de l’université de Montpellier rapportent les résultats de 5061 tests PCR de criblage effectués sur des prélèvements réalisés entre le 31 mai et le 8 juin 2021 chez des sujets positifs pour le SARS-CoV-2, dont 94 % n’étaient pas hospitalisés.

Ces tests de criblage recherchent la présence de trois mutations (E484K, E484Q, L452R). L’absence des deux mutations E484K et E484Q et la présence de la mutation L452R correspond au variant Delta. L’analyse des résultats des tests PCR de criblage montre une tendance à l’augmentation des variants Delta en Ile-de-France.

Dans cette région, l’analyse statistique a montré que les échantillons porteurs de la mutation L452R, mais ne renfermant pas les mutations E484K et E484Q, présentent, par rapport à tous les autres prélèvements, un avantage de transmissibilité de 92 % (intervalle de confiance 95 % compris entre 67 % et 120 %). En clair, cela signifie que cet avantage de transmissibilité a 95 % de chance de réellement se situer dans cette « fourchette » (67 %-120 %).

Les chercheurs ont ensuite exploré plusieurs scénarios en tenant compte de la valeur moyenne et des bornes haute et basse de l’intervalle de confiance, et en supposant que 75 % de la population serait complètement vaccinée à la mi-août. Au final, ils estiment que « le variant Delta a le potentiel d’initier un rebond épidémique d’ici la fin de l’été ».

Ces résultats, obtenus dans la soirée du 17 juin, ont été transmis le 18 juin au matin au conseil scientifique ainsi qu’à Santé publique France, qui en a informé le gouvernement le jour même, indiquent les chercheurs.

Variant Delta majoritaire au Royaume-Uni

Une étude conduite sous l’égide de l’Imperial College de Londres a analysé la résurgence des cas d’infection à SARS-CoV-2 en Angleterre associée à la fréquence accrue du variant Delta. Une augmentation de cas et des hospitalisations a en effet été observée parallèlement à une augmentation de la fréquence de ce variant, dit indien. Ceci a incité le gouvernement britannique à différer l’étape finale du déconfinement d’un mois, en reculant la date du 21 juin au 19 juillet 2021.

Baptisée REACT-1 (REal-time Assessment of Community Transmission1), cette étude a été publiée sur le serveur de prépublication de l’Imperial College de Londres. Elle a consisté à mesurer la prévalence de positivité au sein de la population anglaise. Au total, près de 109 000 participants ont réalisé eux-mêmes des prélèvements respiratoires entre le 20 mai et le 7 juin 2021. Les résultats de cette 12ème édition (round) ont été comparés avec l’étude précédente qui s’était déroulée entre le 15 avril et le 3 mai 2021.

Les épidémiologistes britanniques ont observé le remplacement rapide du variant Alpha (B.1.1.7, dit « anglais ») par le variant Delta (dit « indien ») au cours de la 11ème et 12ème édition de l’étude REACT-1.

Augmentation exponentielle de la prévalence au Royaume-Uni

Il ressort qu’entre ces deux dernières études, la prévalence nationale est passée de 0,10 % à 0,15 %. En d’autres termes, le nombre d’infections a augmenté de 50 % depuis la dernière étude REACT-1 réalisée en mai. Les résultats de ce 12ème round montrent que « la croissance est exponentielle avec un taux de doublement de cas de 11 jours et un taux de reproduction (R) de 1,44 en Angleterre. Cette période de croissance rapide coïncide avec le fait que le variant Delta est devenu le variant dominant en Angleterre », soulignent les épidémiologistes.

La prévalence la plus importante a été observée dans la région Nord-Est (0,26 %), alors qu’elle était de 0,11 % lors de la précédente étude. À l’inverse, la prévalence dans le Sud-Ouest était la plus faible, de l’ordre de 0,05 %. Dans le Nord-Ouest, la localisation des prélèvements positifs indique l’existence d’un foyer de contamination (cluster) dans le Grand Manchester et la région Est de Lancashire.

Une croissance alimentée par les sujets les plus jeunes

La prévalence a été cinq fois plus importante parmi les 5-12 ans (0,35 %) et les 18-24 ans (0,36 %) par rapport aux personnes âgées de 65 ans et plus.

De même, la prévalence des 5-49 ans était deux fois et demi plus importante que celle enregistrée chez les personnes âgées de 50 ans et plus (0,2 % versus 0,08 %). Dans la tranche d’âge des 5-49 ans, la prévalence est passée de 0,16 % à 0,35 %.

Prévalence selon les tranches d’âge de la positivité des écouvillonnages lors des 11ème et 12ème édition de l’étude REACT-1. Riley S, et al. Imperial College London. 7-Jun-2021.

« Ces résultats en fonction de l’âge indiquent que la récente extension du programme de vaccination aux personnes âgées de plus de 18 ans devrait contribuer à réduire considérablement la croissance globale de l’épidémie. Les tendances observées peuvent être le reflet d’une augmentation des interactions sociales entre enfants et jeunes adultes alors que les écoles restent ouvertes et que le confinement se relâche, en même temps que d’un taux élevé de couverture vaccinale chez les personnes plus âgées », déclarent les auteurs de l’étude.

Steven Riley, Paul Elliot et leurs collègues de l’Imperial College London ont observé un quasi-remplacement du variant Alpha du SARS-CoV-2 durant la période couvrant les 11ème et 12ème édition de l’étude REACT-1 (entre le 15 avril et le 7 juin). L’analyse des prélèvements positifs a montré que la proportion du variant Delta est passée d’environ 60 % (le 20 mai 2021) au début de la 12ème édition de l’étude à environ 90 % (7 juin 2021) à la fin de l’étude.

Localisations, lors des 11ème et 12ème rounds de l’étude REACT-1, des prélèvements positifs pour les variants dits « anglais » et « indien ». Variant B.1.1.7 ou Alpha. Variant B.1.617.2 ou Delta. Régions : NE = North East, NW = North West, YH = Yorkshireand The Humber, EM = EastMidlands, WM = West Midlands, EE = East of England, L = London, SE = South East, SW =South West. Riley S, et al. Imperial College London. 7-Jun-2021.

Remplacement rapide du variant Alpha par le variant Delta

Alors que le variant Delta n’avait été détecté que dans deux prélèvements positifs à Londres lors de la 11ème étude (entre le 15 avril et le 3 mai), il est devenu au cours de la 11ème étude l’unique lignage viral détecté dans le Nord-Ouest, les East Midlands, le Sud-Est et Londres.

Il apparaît par ailleurs que la prévalence de positivité des tests est quasiment le double parmi les résidents des zones défavorisées sur le plan socio-économique par rapport au reste de la population.

À partir d’avril 2021, les chercheurs ont commencé à observer chez les moins de 65 ans un lien plus direct entre infection par le SARS-CoV-2 et hospitalisation que chez les personnes plus âgées. Ainsi, les infections dans les tranches d’âge les plus jeunes sont survenues, de manière significative, plus fréquemment dans la population non vaccinée ou chez les personnes qui n’avaient pas indiqué leur statut vaccinal que chez celles déclarant être vaccinées. « Nos résultats sont conformes à la grande efficacité des vaccins ChAdOx1-S [Oxford-AstraZeneca] et BNT162b2 [Pfizer-BioNTech] dans la prévention des hospitalisations et des décès dans la population entièrement vaccinée », indiquent les auteurs de l’étude.

Le dernier bulletin technique de Public Health England (PHE) sur les variants préoccupants indique, qu’après une seule dose de vaccin, que l’efficacité vaccinale vis-à-vis de la survenue d’une maladie Covid-19 symptomatique est de 31 % en cas d’infection par le variant Delta et de 49 % en cas d’infection par le variant Alpha. Après injection d’une seule dose, on observe donc une diminution de 18 % de l’efficacité du vaccin contre la maladie symptomatique en cas d’infection par le variant Delta par rapport au variant Alpha. En revanche, après vaccination complète, l’efficacité contre une maladie symptomatique due au variant Delta est estimée à 80 %.

Enfin, l’efficacité du vaccin vis-à-vis du risque d’hospitalisation en cas d’infection par le variant Delta est de 75 % après une seule dose et de 94 % après deux doses.

Plus précisément, une étude de PHE a montré vis-à-vis du risque d’hospitalisation une efficacité, après deux doses, de 92 % du vaccin AstraZeneca et de 96 % pour le vaccin Pfizer. Ces données montrent l’importance de recevoir deux doses de vaccin pour obtenir la meilleure protection possible. À ce jour, environ 46 % de la population britannique a été complètement vaccinée, contre 26,7 % en France.

Risque accru d’hospitalisation

Des épidémiologistes écossais ont également rapporté le 14 juin 2021 dans The Lancet que le variant Delta touchait principalement des groupes jeunes.

Selon Aziz Sheikh de l’université d’Édimbourg et ses collègues de Public Health Scotland, le risque d’hospitalisation pour Covid-19 est approximativement le double chez les personnes infectées par le variant Delta par rapport à celles contaminées par le variant Alpha, le risque d’hospitalisation étant particulièrement élevé chez les personnes présentant cinq comorbidités ou plus.

Variant Delta avec mutation additionnelle K417N

Il importe de signaler que le séquençage des variants Delta a récemment permis de montrer l’existence d’un variant Delta porteur d’une mutation supplémentaire, K417N, sur la protéine spike. Ce lignage a été baptisé AY.1.

Le dernier bulletin technique de PHE indique que 38 cas de variant Delta-AY.1 ont été détectés en Angleterre. Cette mutation est également présente dans le variant brésilien P.1, aujourd’hui dénommé Gamma.

Transmissibilité accrue

La plus grande transmissibilité du variant Delta rapport à d’autres variants du SARS-CoV-2 a également été soulignée par des épidémiologistes de l’OMS, de la London School of Hygiene and Tropical Medicine et de l’Imperial College London.

Publiée le 17 juin 2021 dans la revue en ligne Eurosurveillance, cette étude rapporte que le variant Delta (B.1.617.2) possède un avantage compétitif clair par rapport au variant Alpha (B.1.1.7), Beta (dit « sud-africain » ou B.1.351) et Gamma (dit « brésilien » ou P.1), avec une augmentation du taux de reproduction effectif estimée respectivement à 55 %, 60 % et 34 %. Là encore, Finlay Campbell et ses collègues mettent l’accent sur la nécessité d’efforts soutenus en matière de séquençage génomique afin de rapidement détecter le remplacement des souches virales circulantes par de nouveaux variants.

Moindre sensibilité du variant Delta aux vaccins

Publiée en ligne dans la revue Cell le 17 juin 2021, une étude dirigée par des chercheurs de l’université d’Oxford (Royaume-Uni) rapporte des nouvelles données concernant l’efficacité des vaccins, des anticorps monoclonaux et anticorps provenant de sujets Covid-19 convalescents vis-à-vis de deux lignages, B.1.617.1 et B.1.617.2 (variant Delta). Les variants B1617.1 (porteurs des mutations L452R et E484Q dans le domaine de liaison RBD de la protéine spike) et B.1.617.2 (qui renferme notamment les mutations L452R et T484K) ont été initialement rapportés en Inde fin 2020.

Chang Liu et ses collègues rapportent que si la plupart des anticorps monoclonaux développés à usage thérapeutique montre une légère perte d’efficacité vis-à-vis de ces deux variants, certains ont une capacité de neutralisation sévèrement réduite, voire abolie.

Il ressort également que l’efficacité des anticorps neutralisants provenant de sujets britanniques convalescents ayant développé la Covid-19 au début de la pandémie est 2,7 fois moins importante vis-à-vis du variant Delta que par rapport à la souche de référence de Wuhan.

Risque de réinfection par le variant Delta en cas d’infection antérieure par le variant sud-africain ou brésilien

Les immunologistes ont également évalué la capacité de sérums provenant d’individus ayant été infectés par le variant Alpha (dit anglais ou B.1.1.7), le variant Beta (dit sud-africain) ou Gamma (dit brésilien ou P.1) de neutraliser le variant Delta.

Ils rapportent avoir trouvé qu’un certain nombre de sérums d’individus ayant antérieurement été infectés par le variant sud-africain et brésilien n’étaient pas capables de neutraliser le variant Delta. La capacité des anticorps développés après une infection par le virus Alpha de neutraliser le variant Delta était 1,5 fois moins importante qu’elle ne l’est pour le variant Alpha. De même, les anticorps développés après une infection par le variant Beta (sud-africain) sont 11,6 fois moins puissants à neutraliser le variant Delta qu’ils ne le sont vis-à-vis du variant Beta. Enfin, les anticorps produits à la suite d’une infection par le variant Gamma (brésilien) sont 11,5 fois moins neutralisants vis-à-vis du variant Delta que vis-à-vis du variant Gamma.

Il apparaît donc que les anticorps produits par des patients ayant été infectés par le variant anglais (Alpha) confèrent une bonne protection contre tous les variants, alors que celle développée après une infection par le variant Beta (sud-africain) ou Gamma (brésilien) semble moins efficace. De fait, dans de nombreux cas, la neutralisation est presque nulle vis-à-vis du variant Delta, en particulier en cas d’infection antérieure par le variant brésilien (Gamma).

Ces résultats indiquent que les sujets non-vaccinés, antérieurement infectés par le variant sud-africain ou brésilien, pourraient présenter un risque de réinfection par le variant Delta.

Les auteurs font remarquer que dans la mesure où l’infection avec le variant Alpha (B.1.1.7) semble conférer une « protection croisée raisonnable contre tous les variants préoccupants », cela peut signifier que que ce variant peut servir de base à un candidat-vaccin en vue d’une protection large contre de nouveaux variants.

Enfin, les chercheurs indiquent avoir noté une diminution de la capacité neutralisante des anticorps induits par la vaccination chez des sujets ayant reçu le vaccin AstraZeneca ou Pfizer, mais ils soulignent qu’ils n’ont pas mis en évidence d’échappement généralisé à la neutralisation, contrairement à ce qui a été rapporté avec le variant sud-africain. Avec les vaccins Pfizer, les titres en anticorps neutralisants vis-à-vis du variant Delta étaient respectivement 2,5 fois et 4,3 fois inférieurs à ceux observés vis-à-vis de la souche de référence Victoria (souche australienne, isolée au début de la pandémie et apparentée au virus de Wuhan).

Selon les auteurs, ces données indiquent que les vaccins actuels (à ARN messager et ceux à base de vecteur viral) protègent contre le variant Delta, bien que des titres réduits en anticorps neutralisants pourraient ne pas empêcher la survenue d’infections post-vaccinales (breakthrough infections).

Importance de la deuxième dose vaccinale

Surtout, les chercheurs ont observé une absence quasi-complète de neutralisation du variant Delta à la dixième semaine après la première dose du vaccin Pfizer. Et de rappeler qu’une réduction de l’efficacité du vaccin Pfizer a déjà été observée à partir de la dixième semaine suivant l’injection de la première dose, sans doute du fait d’un déclin de l’immunité. Cela a conduit, en mai dernier, les autorités britanniques à recommander de réduire de douze à huit semaines l’intervalle entre la première et la seconde injection vaccinale pour les sujets de plus de 50 ans.

Plus que jamais une course contre la montre est donc engagée entre le variant dit « indien » et la vaccination complète dans de nombreux pays. Enfin, à l’instar du variant « anglais » (Alpha) qui a fini il y a quelques mois par s’imposer en Europe, le variant Delta pourrait bien cette fois l’emporter sur Alpha.