Lequotidiendumedecin.fr : « AY.4.2 », le sous-variant de Delta détecté dans 34 pays soupçonné d’être un peu plus transmissible

PAR ELSA BELLANGER -

PUBLIÉ LE 25/10/2021

Déjà détecté dans 34 pays* selon la base de données mondiale Gisaid, le variant « AY.4.2 », un sous-variant de Delta, a été classé comme « variant en cours d’investigation »** (nommé VUI-21OCT-01 pour variant under investigation) par les autorités sanitaires britanniques qui le soupçonnent d’être plus transmissible.

Dans une note technique du 22 octobre, l’autorité sanitaire britannique « UK Health Secrurity Agency » indique que le variant « AY.4.2 » semble avoir un « taux de croissance légèrement accru par rapport à Delta », sans par ailleurs que des « preuves solides d’une différence de risque d’hospitalisation ou de décès » n’aient été identifiées.

En plus des mutations observées dans Delta et la lignée AY.4, le sous-variant « AY.4.2 » inclut les mutations A222V et Y145H sur la protéine Spike. Au Royaume-Uni, il représente une proportion « lentement croissante » des cas depuis début août. Il est récemment passé, en trois semaines, de 3,8 % des cas de Delta détectés en Angleterre (semaine du 19 au 25 septembre) à 5,9 % (du 3 au 9 octobre).

Un taux de croissance de 17 % supérieur aux autres variants

Selon les estimations de l’agence sanitaire britannique, « AY.4.2 » présenterait un taux de croissance de 17 % supérieur aux autres variants en circulation. Il n’est cependant pas encore possible de déterminer s’il s’agit de la conséquence d’un changement dans la transmissibilité biologique (transmissibilité ou évasion immunitaire) ou d’un effet du contexte épidémiologique (niveaux de transmission élevée dans certaines zones ou certains groupes), avertit l’agence.

Cette progression de « AY.4.2 » au Royaume-Uni intervient dans un contexte où le pays a levé l’ensemble des mesures de freinage de l’épidémie (y compris le port du masque en intérieur) depuis juillet et connaît actuellement l’un des niveaux de contamination les plus importants au monde, le seuil de plus de 50 000 cas journaliers détectés ayant été franchi le 21 octobre, une première depuis 3 mois.

Mais par ailleurs, l’agence sanitaire a également estimé le taux d’attaque secondaire du sous-variant pour les contacts familiaux des cas. Avec 12,4 % pour le sous-variant contre 11,1 % pour Delta, l’analyse ne présente pas de différence « significative » permettant de conclure.

Un manque de recul pour estimer la sévérité

Pour estimer la sévérité d’une infection pour le variant « AY.4.2 », l’agence sanitaire a par ailleurs scruté les données des entrées aux urgences, suivies ou non d’une hospitalisation, entre le 15 mai et le 23 septembre, période d’émergence du sous-variant. « Ces premières analyses brutes ne montrent pas de preuves solides d’une différence de risque d’hospitalisation ou décès entre VUI-21OCT-01 et Delta, est-il relevé. Cependant, ces analyses ne sont pas ajustées pour les facteurs cruciaux qui peuvent influencer les résultats tels que l’âge et le statut vaccinal et doivent être interprétées avec prudence. »

Sévérité des variants Alpha et Bêta

Pour d’autres variants, les connaissances progressent. Dans « Science Advances », des chercheurs du MIT (Massachusetts Institute of Technology) ont publié une évaluation de la sévérité d’une infection par les variants Alpha (B.1.1.7 - britannique) et Bêta (B.1.351 – sud-africain), à partir d’une étude menée chez le macaque rhésus. Comparé à une souche contenant la substitution de pointe D614G, Alpha s’est comporté de manière similaire en termes de signes cliniques et de réplication dans les voies respiratoires, tandis que B.1.351 a entraîné « des scores cliniques inférieurs, des titres de virus pulmonaires inférieurs et des lésions pulmonaires moins graves », est-il noté. Ainsi, malgré les inquiétudes d’une gravité accrue de ces variants chez les humains, Alpha et Bêta n’ont pas montré de pathogénicité augmentée chez les macaques rhésus.

* Les séquences déposées sur Gisaid proviennent de 33 pays : Danemark (291), Allemagne (253), États-Unis (113), Pologne (112), Italie (67), Irlande (66), Roumanie (61), Belgique (43), France (22), Pays-Bas (21), Inde (20), Suisse (20), Espagne (15), Norvège (13), Portugal (10), Lituanie (8), Tchéquie (7), Malaisie (7), Slovaquie (7), Canada (6), Suède (6), Autriche (3), Estonie (2), Finlande (2), Grèce (2), Islande (2), Singapour (2), Aruba (1), Australie (1), Bangladesh (1), Bulgarie (1), Japon (1), Mexique (1) et Israël (1).
** L’agence sanitaire britannique a aussi déclassé les variants Lambda (C.37) et C36.3 qui ne sont plus considérés comme « sous surveillance ».

Source : lequotidiendumedecin.fr