Covid-19 (Coronavirus-2019nCoV)

Libération - Positifs mais pas contagieux : l’angle mort des tests PCR

il y a 2 semaines, par Info santé sécu social

Par Anaïs Moran — 4 septembre 2020

Aujourd’hui, un résultat PCR montrant la présence du virus implique en principe l’isolement du patient. Y compris dans le cas d’une charge virale très faible, donc probablement non contagieuse.

Etre positif au Covid-19 est-il forcément synonyme de contagiosité ? Ou, au contraire, cette corrélation plus complexe qu’elle n’y paraît nécessite-t-elle d’affiner la politique post-diagnostic des cas confirmés ? Dans un article du New York Times publié le 29 août, des experts américains ont ouvertement mis la question sur la table et leur réponse est catégorique : les tests RT-PCR (dits « PCR ») diagnostiquent un grand nombre de personnes qui ne portent, en fin de compte, qu’une quantité relativement insignifiante du virus et qui ne sont probablement plus contagieuses. Selon ces chercheurs en santé publique, ce n’est pas la positivité du test mais la quantité de virus « qui devrait dicter la démarche à suivre pour chaque patient infecté » (et en premier lieu, conditionner la mise en quarantaine). « Nous utilisons [la binarité du test PCR] pour tout. Pour le diagnostic clinique, pour la santé publique, pour la prise de décisions politiques […]. C’est vraiment irresponsable, je pense, de ne pas reconnaître qu’il s’agit d’une problématique de quantité [virale] », expose Michael Mina, professeur d’épidémiologie à Harvard. De quoi abonder le débat sur la politique de dépistage et d’isolement à suivre face à cette épidémie.

Comment le test PCR détecte-t-il le SARS-Cov-2 ?
La technique consiste à détecter l’ARN (molécule proche de l’ADN) du virus dans l’échantillon nasopharyngé du patient. Pour cela, on utilise la technique PCR afin d’amplifier la région du génome du virus et de le rendre plus détectable. Grosso modo : la quantité de virus sur le fameux « coton-tige » est tellement infime qu’une machine va opérer des cycles d’amplification jusqu’à le rendre perceptible. Plus il y a de virus présents dans l’échantillon d’origine, moins le nombre de cycles nécessaires pour faire ressortir son matériel génétique est important. A l’inverse, plus la machine a besoin de multiplier les cycles, moins le virus est facile à détecter et, par extension, moins sa quantité est élevée. Ultrasensible et précis, ce test par PCR déclare une personne positive ou négative à partir de ce fameux seuil de cycles (appelé CT pour « Cycle threshold »). En France, la limite de détection est fixée par chaque laboratoire (les machines, plateformes et méthodes utilisées n’étant pas exactement les mêmes partout). « Généralement, on considère que c’est négatif au-dessus de 40 cycles, mais ce n’est pas gravé dans le marbre, indique Lionel Barrand, responsable du syndicat des jeunes biologistes. Tout ce qui oscille entre 35 et 40, même entre 32 et 45, doit être interprété dans un contexte clinique et épidémiologique donné. » A l’heure actuelle, le CT n’est jamais inclus dans les résultats envoyés aux médecins et aux personnes diagnostiquées.

Quel est le lien entre positivité et contagiosité ?

Selon les chercheurs qui s’expriment dans le New York Times, la majorité des cas positifs détectés après un grand nombre de cycles ont une charge virale trop faible pour être contagieux. « Les tests avec des seuils si élevés peuvent détecter non seulement le virus vivant, mais aussi des fragments génétiques, des restes d’infection qui ne posent aucun risque particulier », pointe le professeur Michael Mina dans les colonnes du quotidien américain.

D’après ses analyses, 85 % à 90 % des personnes testées positives en juillet, dans le Massachusetts, avec un seuil de cycles fixé à 40, auraient été considérées comme négatives si le seuil avait été de 30. Et n’auraient donc pas fait l’objet de mesures d’isolement. Pour Bruno Lina, virologue et membre du Conseil scientifique, tout ce processus de réflexion est « plutôt pertinent ». Il développe : « On commence à avoir des données assez robustes sur le sujet grâce aux observations sur les personnes symptomatiques. Globalement, au huitième jour après l’apparition des symptômes, on ne détecte presque plus de virus et celui-ci n’est pas cultivable, ce qui signifie qu’il n’est plus infectieux. Ces mêmes personnes ont, en général, huit jours après l’apparition des symptômes, une valeur CT au-delà de 32. » Olivier Terrier, chercheur du CNRS au Centre international de recherche en infectiologie, voit dans ces avancées un « grand challenge » pour la santé publique, mais rappelle que la « biologie est faite d’exceptions », comme les super-contaminateurs, qui ne sont pas toujours ceux « qui ont le plus de virus, car d’autres paramètres physiologiques ou pathologiques peuvent entrer en jeu ». Reste aussi le problème des asymptomatiques. Sylvie van der Werf, virologue à l’Institut Pasteur :

« L’interprétation de leurs résultats n’est vraie qu’à un instant T. Si on trouve chez une personne une valeur de CT élevée, donc une faible charge virale, cela signifie qu’elle n’est probablement pas transmettrice au moment où elle fait le test. Mais rien ne dit que deux jours après, le virus ne s’est pas en fait multiplié et la charge virale amplifiée, car la personne était en phase ascendante. »

La stratégie de dépistage est-elle à revoir ?
Pour les scientifiques américains, c’est même une urgence nécessaire. Leur proposition : la mise en place de tests « rapides, bon marché et assez abondants, même s’ils sont moins sensibles ». Quitte à ne pas « attraper » les cas positifs à faible charge virale. Le virologue Bruno Lina estime, lui, que ces tests rapides doivent surtout compléter le diagnostic par PCR. « Ces deux formes de dépistage ne répondent pas à la même question. La PCR permet de dire si oui ou non, il y a du virus chez un individu. Pour mesurer l’immunité collective et pour remonter les cas contacts, cela demeure primordial, décrypte-t-il. Les tests rapides et moins sensibles permettraient de se pencher spécifiquement sur la source infectieuse et donc la politique d’isolement des patients. » Sa consœur de Pasteur, Sylvie van der Werf, juge elle aussi que cette « stratégie à double tiroir » mérite d’être évaluée mais suppose de « définir préalablement quelle diminution de sensibilité de détection est acceptable au regard du risque de transmission ». D’ailleurs, Bruno Lina n’exclut pas que le Conseil scientifique, présidé par Jean-François Delfraissy, se penche sur le sujet.

Anaïs Moran