Covid-19 (Coronavirus-2019nCoV) et crise sanitaire

Médiapart - Avec le variant anglais, une autre épidémie commence

il y a 1 semaine, par Info santé sécu social

12 JANVIER 2021 PAR CAROLINE COQ-CHODORGE

Plus contagieux, le nouveau variant anglais VOC se diffuse d’une manière incontrôlable sur les îles Britanniques. En France, sa présence est encore sous-estimée. Une nouvelle phase de l’épidémie s’ouvre, plus périlleuse encore.

Les Britanniques l’appellent VOC, pour « variant of concern », littéralement le variant préoccupant. Il a été repéré en novembre dans le sud-est de l’Angleterre, puis il s’est diffusé comme une traînée de poudre. Il est le principal moteur d’un pic épidémique sans précédent depuis le printemps sur les îles Britanniques.

Le Royaume-Uni compte ces derniers jours, quotidiennement, 60 000 cas positifs, près de 4 000 hospitalisations pour Covid-19, plus de 700 morts.

Le 4 janvier, le premier ministre Boris Johnson s’est résolu à reconfiner le pays d’une manière aussi stricte qu’au printemps : les Britanniques sont encouragés à rester chez eux, les écoles sont fermées. Le maire de Londres a déclaré l’état d’alerte sur la capitale, de nombreux médecins et infirmiers alertent sur la submersion du système de santé.

L’Irlande est en train de suivre le même chemin : avec près de 5 000 cas positifs par jour, c’est le pays qui affiche le plus haut pic épidémique dans le monde.

En France, les épidémiologistes ont pris la mesure de ce nouveau variant : « C’est une nouvelle épidémie dans l’épidémie », a expliqué sans détours, lundi matin sur BFM, Arnaud Fontanet, épidémiologiste à l’Institut Pasteur et membre du conseil scientifique. « C’est une aussi mauvaise nouvelle que d’apprendre que l’on devrait avoir à faire face, en plus du Covid, à une nouvelle pandémie de grippe cet hiver », renchérit l’épidémiologiste Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé globale de Genève.

Les caractéristiques du variant sont désormais connues. Une première étude a été prépubliée par l’Imperial College de Londres le 4 janvier. Elle étudie, en novembre et décembre, région par région, la dynamique épidémique en fonction de la fréquence du variant. Elle met en évidence une transmissibilité supérieure de + 40 à + 70 % pour le variant VOC. L’étude évoque aussi une plus forte portion du nouveau variant chez les moins de 20 ans, mais ce résultat, peu significatif, est depuis remis en cause.

Le variant ne provoque pas de formes plus graves, mais c’est « une fausse bonne nouvelle, explique Antoine Flahault. Deux scénarios ont été modélisés, l’un avec un variant 50 % plus létal mais pas plus transmissible, l’autre avec un variant aussi létal, mais 50 % plus transmissible, comme celui que nous connaissons au Royaume-Uni. À nouveau, ce n’est peut-être pas intuitif, mais le variant le plus transmissible conduit au final au plus grand nombre de morts. Car un variant plus létal serait plus facilement détecté, donc contrôlé plus rapidement, tandis que le variant plus transmissible va toucher un beaucoup plus grand nombre de personnes, donc faire plus de morts. »

L’aspect le plus spectaculaire de ce variant est la vitesse avec laquelle il remplace les variants précédents du virus, moins transmissibles. Public Health England, l’équivalent de Santé publique France en Angleterre, communique chaque semaine sa progression dans le pays. L’effort de recherche est important : plus de 30 % des tests PCR des Anglais sont séquencés génétiquement pour déterminer quel variant du virus circule.

Entre le 1er septembre et le 4 janvier, le nouveau variant est devenu largement majoritaire, à plus de 80 %, dans le sud-est de l’Angleterre où il a d’abord été identifié, puis dans tout l’est, à Londres, dans le sud-ouest. Il gagne peu à peu du terrain dans le reste du pays. Le pays de Galles, l’Écosse et l’Irlande du Nord, aux systèmes de santé indépendants, sont tout aussi touchés et eux aussi confinés.

La part du nouveau variant VOC (en violet foncé), du 1er septembre au 4 janvier, dans les tests séquencés toutes les semaines en Angleterre. © Public Health England
La part du nouveau variant VOC (en violet foncé), du 1er septembre au 4 janvier, dans les tests séquencés toutes les semaines en Angleterre. © Public Health England
En Irlande, le virus influe sur l’épidémie depuis le début du mois de décembre. Selon le département de la santé irlandais, le variant COV était repéré dans 8,6 % des tests séquencés dans la semaine du 14 au 20 décembre, puis dans 12,8 % des tests la semaine suivante, et 24,9 % la semaine du 3 janvier. Le premier ministre irlandais a indiqué hier, selon l’agence Reuters, que les séquençages les plus récents indiquaient que le variant COV représentait 45 % des tests.

« Les Irlandais avaient jusqu’ici remarquablement maîtrisé leur deuxième vague, selon Antoine Flahault. Ils avaient mis en place un confinement semblable à celui des Français, avec des écoles ouvertes. Leur courbe épidémique est redescendue très bas, très en dessous de celle des Français. Mais elle est repartie à la hausse autour du 10 décembre. Leur taux de reproduction du virus R, aujourd’hui de 1,55, est intenable. »

À son tour, la France cherche le variant VOC : une « enquête rapide » a été lancée en fin de semaine dernière par le Centre national de référence (CNR) de Lyon. Elle consiste à séquencer tous les tests PCR traités pendant deux jours par une sélection de laboratoires de biologie hospitaliers et libéraux. Les résultats seront connus en milieu de semaine. Sur BFM, le biologiste Arnaud Fontanet les a éventés : « On va apprendre qu’il y a beaucoup plus de cas sur le territoire français que ce que l’on croyait », prévient-il.

Jusqu’ici, 19 cas ont été repérés en France, dont deux sans aucun lien avec la Grande-Bretagne. Cela signifie que les chaînes de transmission qui ont conduit à la contamination de ces personnes ne sont pas connues, le nouveau variant se diffuse donc silencieusement dans la population.

Il a déjà démontré son caractère contagieux : à Marseille, un patient zéro de retour du Royaume-Uni a contaminé 23 personnes autour de lui. Parmi elles, 6 personnes sont bien porteuses du nouveau variant, pour les autres l’enquête épidémiologique se poursuit. L’ARS des Pays de la Loire a également indiqué lundi soir qu’une famille anglaise, venue passer les fêtes dans la région de Cholet, a été testée positive au variant anglais et a contaminé les grands-parents qui l’accueillaient. L’un d’eux est hospitalisé.

L’étude de l’Imperial College s’intéresse également à l’impact sur les deux variants du confinement à l’œuvre au mois de novembre en Angleterre, et comparable au reconfinement français (télétravail, écoles et magasins essentiels ouverts). Le résultat est consternant : si le confinement anglais a suffi à freiner le variant initial en faisant baisser le taux de reproduction en dessous de 1 (une personne contamine moins de 1 personne, donc l’épidémie régresse), il est resté sans effet sur le nouveau variant. Seul un confinement total de la population, écoles incluses, semble ces derniers jours donner de premiers résultats en infléchissant un peu la courbe épidémique.

La dynamique épidémique française est pour l’instant très éloignée de la situation britannique. Les fêtes de fin d’année semblent avoir eu un faible impact sur le virus. Sur une semaine, le nombre de contaminations est en légère hausse, de 17 % environ, après une baisse la semaine précédente. Avec 13 820 cas par jour, la France se situe parmi les bons élèves européens. Mais il y a toujours 24 904 cas de Covid-19 hospitalisés le 5 janvier 2021, dont 2 625 en réanimation.

Pour Santé publique France, c’est « un moment charnière dans l’observation d’un éventuel rebond épidémique ». La situation de l’Irlande, bien plus favorable début décembre, avant de subir une augmentation exponentielle du nombre de cas, incite à la plus grande prudence.

Si le nouveau variant gagnait du terrain en France, il n’y aurait pas d’autres solutions, pour éviter des morts en grand nombre, que « d’augmenter les freins, estime Antoine Flahault. Mais il n’y a pas beaucoup d’options. Le brassage résiduel est désormais dans les écoles. Comme l’école est un droit humain fondamental, il faut chercher à minimiser l’impact des mesures sur l’école. Pourquoi ne pas augmenter les vacances d’hiver et diminuer les vacances en été ? Et profiter de ces périodes de vacances scolaires pour mieux sécuriser l’école, en augmentant la qualité de la ventilation, ou réorganisant les repas car ce sont des lieux à haut risque de transmission ? »