Covid-19 (Coronavirus-2019nCoV) et crise sanitaire

Médiapart - Covid-19 : la Guyane démunie face aux variants

il y a 1 mois, par Info santé sécu social

Frontalière du Brésil, la Guyane n’a pas encore détecté le variant « P1 de Manaus ». Est-ce par manque de moyens ? Le séquençage complet s’effectue dans un délai de « dix jours » à l’Institut Pasteur de Paris, où seuls quelques dizaines d’échantillons ont été testés.

Confronté aux variants du coronavirus, le gouvernement a choisi de rétablir des conditions très strictes dans les deux sens de circulation entre les outre-mer et la France hexagonale. Retour des motifs impérieux, contrôles stricts, justificatifs divers et variés, septaine obligatoire, couvre-feu le week-end, confinement dans certains territoires : les 2 millions de Français vivant en outre-mer n’ont pas eu exactement la même impression que leurs concitoyens de l’Hexagone après les annonces du premier ministre, Jean Castex, le 29 janvier.

Ils étaient bien peu à se sentir soulagés que « la France échappe pour l’instant au reconfinement » et pour cause : en outre-mer, les restrictions et les mesures destinées à lutter contre la propagation du Covid-19 se multiplient. Mais en Martinique, en Guadeloupe et à Saint-Martin, une pétition signée de plusieurs élus et des chambres de commerce appelle à la levée immédiate des motifs impérieux nécessaires pour se rendre dans ces îles.

Il s’agit pour le gouvernement de lutter contre les nouvelles formes du coronavirus, les variants dits anglais, sud-africain et brésilien.

En Guyane, territoire situé sur le continent sud-américain et en lisière de la forêt amazonienne, l’exemple de la ville brésilienne martyre de Manaus a été un puissant épouvantail, d’autant qu’une étude inquiétante publiée vendredi 29 janvier dans la revue médicale The Lancet jette un doute sur l’immunité collective que cette ville de 2 millions d’habitants, très éprouvée par la première vague, était censée avoir atteinte. Deuxième pays le plus touché au monde après les États-Unis, le Brésil a enregistré plus de 200 000 décès dus au Covid-19.

La longue frontière (600 km) entre la Guyane et le Brésil est réputée poreuse, du fait de la circulation ancienne et constante entre les deux rives du fleuve Oyapock. Au début du mois de janvier 2021, une hausse du taux d’incidence du Covid-19 en Guyane française a fait craindre aux autorités préfectorales et sanitaires une pénétration du variant amazonien, dit « P1 de Manaus ».

C’est à ce moment que Paris a décidé de rétablir le couvre-feu à 19 heures à Cayenne et de le durcir pour l’imposer le week-end, du samedi 19 heures au lundi 5 heures du matin, malgré l’opposition d’une partie de la population et de certains élus.

« Je ne pense pas que ce soit la bonne solution, je crains que le préfet mette en place le confinement le week-end et que les forces de l’ordre soient envoyées dans la rue pour mater les jeunes qui sortiront pour faire le carnaval comme dimanche dernier », s’inquiétait auprès de Guyaweb Gabriel Serville, député (Gauche démocratique et républicaine) de Guyane.

Surtout, les données scientifiques manquent pour justifier de la menace imminente du variant brésilien. « Nous n’avons aucune preuve que le variant est là et les quelques séquençages n’ont pas été concluants », reconnaît une source proche du gouvernement français.

Depuis samedi 13 février, des cas positifs aux variants ont été détectés : quatre tests positifs ont été soumis à un criblage concluant, a annoncé la préfecture de Guyane dans un communiqué. Pour autant, il est impossible de déterminer de quel variant il s’agit et donc de savoir si la version brésilienne du SARS-CoV-2 a atteint la Guyane. Le criblage est une méthode d’analyse du virus qui permet d’établir une forte suspicion, mais pas d’identifier le variant. Pour cela, il faut « séquencer » les échantillons positifs.

Mais le séquençage pose visiblement problème en Guyane. Mirdad Kazanji, directeur de l’Institut Pasteur de Guyane, reconnaît à demi-mot qu’il est « compliqué » de séquencer le variant brésilien, car il faut pour cela « définir une stratégie spécifique ». Pour l’heure, l’Institut Pasteur de Guyane regroupe, conditionne et envoie les échantillons, qui seront séquencés à l’Institut Pasteur de Paris.

Compter « entre 7 et 10 jours » pour avoir les résultats des séquençages
« Les épidémiologistes guyanais ont défini des critères de sélection des prélèvements à envoyer au séquençage, par exemple des gens qui auraient une histoire de voyage avec le Brésil, des gens qui auraient le Covid pour la deuxième fois, ce qui est rare, des prélèvements où il y a une forte charge virale et aussi des prélèvements qui sont pris de plusieurs endroits de Guyane », nous explique Clara de Bort, directrice de l’agence régionale de santé (ARS) de Guyane.

À Paris, où ils arrivent « en nombre limité » au Centre national de référence des infections des virus respiratoires, selon l’institution elle-même, les échantillons sont séquencés dès leur réception. Il faut ensuite compter « entre sept et dix jours » pour avoir les résultats des séquençages, selon le directeur de l’Institut Pasteur de Guyane. « Dix premiers échantillons de Cayenne et de Kourou ont déjà été séquencés [à Paris – ndlr] et nous n’avons pas trouvé de variant de Manaus. Le séquençage continue avec d’autres échantillons », poursuit Mirdad Kazanji.

Au total, 57 prélèvements PCR ont été envoyés à l’Institut Pasteur de Paris pour être séquencés et sont revenus sans présence des variants du SARS-CoV-2. « 71 sont en attente de résultat et 30 [devaient] de nouveau partir ce 9 février », nous a précisé la direction de l’ARS.

Doté d’un « mini-séquenceur » en Guyane, l’Institut Pasteur pourrait analyser « 10 échantillons en moins de soixante-douze heures », selon son directeur, Mirdad Kazanji, « mais [il n’a] pas pour le moment la technique avec des réactifs pour amplifier le Covid ». Cette technique devrait être transférée « d’ici à la fin février », espère-t-il.

Si le variant brésilien « devait arriver – et, soyons réalistes, ça peut se faire –, il faudra le circonscrire très rapidement […]. On travaille sur des moyens de détection plus rapides, car il se transmet beaucoup plus vite », a répondu à Guyaweb le préfet de Guyane, Thierry Queffelec, à la sortie de la réunion hebdomadaire de la cellule interministérielle de crise qui s’est tenue vendredi 5 février à Cayenne.

Interrogé sur l’absence de séquençage en Guyane, le préfet déclare être en « dialogue » avec l’ARS. « Une machine à séquençage est à 100 000 euros, ensuite ce sont des paramétrages, des formations, des acheminements, précise-t-il. On a le souci d’avoir une certaine autonomie de la décision, car plus on va vite contre le virus, plus on gagne de vies. »

Pour Clara de Bort, directrice de l’ARS, « cela peut être intéressant d’avoir un séquenceur sur place, mais ce n’est pas parce qu’il n’y a pas de séquenceur en Guyane que l’on ne surveille pas la Guyane ».

Incidence en baisse

Aucune collaboration n’est menée directement avec Manaus, les instituts médicaux sur place ou même les autorités sanitaires brésiliennes. En Guyane comme à Paris, les chercheurs et les autorités sanitaires en sont réduits à consulter la littérature scientifique produite sur les variants mais aussi à attendre les communications des entreprises productrices de vaccins afin de savoir si les sérums garderont leur efficacité contre le variant brésilien.

La question est d’importance, puisque le ministre de la santé, Olivier Véran, a reconnu mardi 9 février sur France Info que le vaccin anglais d’AstraZeneca a une efficacité moindre sur le variant sud-africain du nouveau coronavirus. En conséquence, depuis Paris, la stratégie vaccinale a été « adaptée dans l’outre-mer », c’est-à-dire que ce vaccin n’y sera pas distribué.

Une cellule interministérielle de crise se réunit chaque semaine à Cayenne, sous l’autorité du préfet et en présence de nombreux acteurs et décideurs locaux, comme l’ARS, les parlementaires, la chambre de commerce et d’industrie, l’Association des maires de Guyane… Les conclusions de cette cellule de crise remontent à Paris, où une autre cellule interministérielle de crise joue le rôle de courroie de transmission avec le Conseil de défense sanitaire, qui se tient, lui, à l’Élysée. C’est là et uniquement là que sont finalement prises les décisions concernant la Guyane.

De l’autre côté de l’océan Atlantique, à Paris, l’entourage du ministre des outre-mer se félicite qu’en Guyane « nous arriv[i]ons sur un plateau et [que] la situation s’améliore, parce que nous sommes presque à un seuil d’alerte acceptable ». L’incidence du Covid-19 en Guyane est de 114 sur 100 000, un chiffre en baisse depuis trois semaines, alors qu’il avait atteint 300 précédemment.

« Les chiffres que nous avons sont plutôt bons, […] un taux de reproduction à 0,7, alors qu’on sait qu’à partir de 1 il y a danger, et un taux de positivité à 3,14, alors qu’il était entre 10 et 12 », s’est ainsi réjoui le préfet Thierry Queffelec.

Pas de quoi envisager, cependant, un assouplissement des mesures de type couvre-feu en vigueur depuis près d’un an, sauf « la suppression du couvre-feu du 14 février acceptée à l’unanimité par la cellule de crise, ceci jusqu’à ce que les chiffres remontent ou pas », a prévenu le représentant de l’État en Guyane, ouvert à l’éventualité d’organiser un carnaval durant les jours gras.

Dernière carte pour empêcher le variant brésilien de faire repartir l’épidémie à la hausse, le gouvernement français mise sur les forces armées en Guyane pour juguler les flux de personnes entre le Brésil et le territoire français d’Amérique du Sud.

Officiellement, les frontières avec le Brésil et le Suriname sont totalement fermées depuis l’apparition du coronavirus en Guyane en mars 2020, et leurs réouvertures n’ont jamais été programmées.