Covid-19 (Coronavirus-2019nCoV)

Médiapart - Dépistage du coronavirus : les limites des tests PCR, l’espoir des salivaires

il y a 2 mois, par Info santé sécu social

21 MAI 2020 PAR ROZENN LE SAINT ET CAROLINE COQ-CHODORGE

Le dépistage du coronavirus laisse à désirer. Les tests PCR, par le nez, sont peu pratiques et pas assez fiables. Une autre technique, celle des tests réalisés à partir des crachats salivaires, paraît prometteuse.

Après ses premiers loupés, la politique de dépistage menée en France est-elle en train de passer à côté d’une technique de tests plus efficaces et plus fiables que ceux réalisés aujourd’hui ? Il y a d’abord eu le retard à l’allumage de la pratique de tests par manque de réaction (lire « Le virus se propage », « il faut dépister » : ces alertes des médecins qui ont été ignorées) et d’anticipation du gouvernement. Les tensions d’approvisionnement en réactifs nécessaires pour pratiquer les tests ont rapidement dicté la doctrine de dépistage consistant à prioriser les personnes les plus à risque de développer une forme grave de coronavirus et le personnel soignant (lire aussi Derrière l’absence de dépistage massif du Covid-19, la réalité d’une pénurie).

Il y a ensuite eu les pénuries des simples écouvillons, ces longs cotons-tiges à enfoncer dans le nez, indispensables pour prélever les cellules et réaliser les tests virologiques dits PCR tels qu’ils sont pratiqués en France, les seuls tests validés par les autorités de santé jusqu’ici. S’est ensuivie la livraison d’un stock de près d’un million d’écouvillons inutilisables à destination des CHU, selon l’enquête de la cellule investigation de Radio France.

« L’excès de précipitation a été source de décisions trop rapides. Les PCR nasopharyngés cumulent plusieurs handicaps : c’est un geste technique difficile, car il faut enfoncer le coton-tige loin, la qualité du geste, et donc sa sensibilité, est opérateur dépendant, c’est douloureux, on ne peut pas répéter ce geste trop souvent, cela “consomme” une infirmière pour le prélèvement et il faut les cotons-tiges et les milieux de transport adaptés », énumère Éric Caumes, chef du service de maladies infectieuses à la Pitié-Salpêtrière, à Paris.

Poser un diagnostic d’infection au coronavirus SARS-CoV-2 est un exercice difficile. Les médecins de ville en font l’expérience, depuis l’élargissement du dépistage, le 11 mai, à toutes les personnes qui présentent de légers symptômes et qui ne sont pas hospitalisées, ainsi qu’à tous leurs cas contacts.

« Le test PCR n’est pas très fiable, confirme Tania Kandel, médecin de santé publique à la mairie d’Aubervilliers, qui pilote pour la ville de Seine-Saint-Denis l’expérimentation COVISAN de repérage des cas de Covid-19 et de traçage de leurs contacts par des équipes mobiles. Dans le dispositif, le test est proposé, mais pour inclure un patient, on se fie au tableau clinique : la perte du goût et de l’odorat, une toux inhabituelle, de la fièvre, une diarrhée, etc. On a plus de chances d’avoir un test positif dans les jours suivant l’apparition des premiers symptômes. Mais, même en cas de test négatif, on propose l’isolement à un patient. Car il y a des faux négatifs : le virus est bien là, mais le test ne le détecte pas. »

Le test virologique du coronavirus SARS-CoV-2 va chercher dans le nez ou la gorge du patient l’ARN (acide ribonucléique) viral, l’équivalent de son ADN. « La technique est très sensible, insiste Astrid Vabret, virologue au CHU de Caen. Si le virus est présent dans le prélèvement, il sera détecté. Seulement, chez une personne infectée par le SARS-CoV-2, le virus n’est pas toujours là où on va le chercher, au fond du nez ou de la gorge. »

« Le virus entre par les voies respiratoires hautes, poursuit la virologue. Il est facilement détectable 24 à 48 heures avant les premiers symptômes, puis les sept jours suivants. Ensuite, chez certains patients, il descend profondément dans les bronches ou les poumons et n’est plus détectable dans le nez ou la gorge, à moins de pratiquer un prélèvement profond, à l’hôpital. »

Sur 100 tests réalisés sur des patients porteurs du virus, 30 sont faussement négatifs. Comment l’expliquer ? Pourquoi centrer la stratégie de dépistage sur une technique dont la marge d’erreur est si large ? Et surtout, comment pallier cela ? Le comité analyse recherche et expertise (Care), le deuxième conseil scientifique du gouvernement, le reconnaît : « Il y a effectivement des solutions possibles pour pallier les 30 % de ratés des tests PCR de laboratoires mais qui n’ont pas encore été démontrées. En Asie, une approche consiste à combiner des tests rapides de terrain PCR réalisés fréquemment et des tests rapides sérologiques de terrain. » (lire aussi l’article sur les tests sérologiques ici)

« J’ai entendu des interrogations sur la fiabilité des tests virologiques. Les tests PCR qui sont réalisés dans de bonnes conditions techniques sont fiables », a tenté de rassurer Jérôme Salomon, directeur général de la santé, le 19 mai. En réalité, « la sensibilité du test est de 98 % quand on prélève correctement, car le test en lui-même est fiable, c’est la technique de prélèvement par le nez qui est délicate », assure François Blanchecotte, le président national du syndicat des biologistes.

Ces 30 % de faux négatifs des tests PCR effectués via les écouvillons sont essentiellement dus à la technique de prélèvement : il faut enfoncer ces cotons-tiges 7 à 10 centimètres dans le nez. « Si je vous réalise le test, je vous garantis que vous vous souviendrez de moi. Je vais au fond des fosses nasales pendant 15 secondes, puis dans l’autre narine », décrit le biologiste.

Le test PCR laisse un souvenir pénible, voire douloureux, à tel point que des soignants refusent de se faire tester en série. « On me l’a fait trois fois, ce n’est pas agréable, confirme Marc Sanson, neuro-oncologue à l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière, à Paris. Pour prélever l’ensemble du service, les 80 personnes, cela a mobilisé deux personnels qui doivent être très bien protégés du fait du risque de contamination de l’acte de prélèvement, qui peut provoquer des éternuements et des toux. Cela crée un goulet d’étranglement. On ne peut pas dépister en masse, à grande échelle, avec cette méthode ! »

La piste des tests salivaires écartée pour l’heure
Le neuro-oncologue Marc Sanson n’est pas spécialiste des coronavirus. Mais « mobilisé, sur le pied de guerre, comme l’a demandé Emmanuel Macron », il a eu « une idée qui pourrait être celle de l’homme de la rue. On sait que le virus se transmet par la salive, alors pourquoi ne pas tester directement le crachat, très facile à recueillir ? », interroge-t-il.

Il se renseigne : un article scientifique allemand montre que « le virus dure plus longtemps dans le crachat que dans la simple salive, car il faut racler la gorge et aller chercher profondément dans les poumons avant de cracher ». L’article est d’ailleurs ensuite publié sur le site de l’agence du médicament américaine, la FDA, qui a autorisé un premier test salivaire le 8 mai. Il suffit de cracher en se raclant la gorge dans un tube depuis chez soi et de l’envoyer directement en analyse : idéal en situation de confinement.

Marc Sanson échange avec Marie-Claude Potier, chercheuse à l’institut du cerveau (ICM) et de la moelle de l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière. Ensemble, en mars, ils mettent en route leur propre technique de tests à partir de crachats. « Dès le début du confinement, nous nous sommes dit que le laboratoire était vide, que nous avions l’habitude de réaliser des tests PCR et que nous disposions de toutes les ressources pour en réaliser afin de dépister le Covid-19 en commandant les kits. Nous savions qu’il était difficile de se procurer des écouvillons. On n’en a pas besoin pour prélever les crachats tout simplement recueillis dans un pot. Ensuite, la procédure d’analyse du prélèvement est la même. En dix jours, nous avons mis au point un test en prélevant le personnel soignant », relève-t-elle.

Marie-Claude Potier a mentionné au Centre national de référence (CNR), soit deux labos de référence de l’institut Pasteur et des Hospices civils de Lyon chargés d’évaluer les tests, que les résultats s’annonçaient bons, pour arguer en faveur de cette piste à développer. Il lui a été répondu qu’il fallait 100 prélèvements doubles positifs comparés, nasopharyngés et salivaires. Pour l’heure, l’équipe de Marie-Claude Potier réalise 100 tests par jour, mais seulement des crachats salivaires. Elle espère pouvoir s’associer à la plateforme de dépistage massif de l’ancien hôpital Broussais (Assistance publique-Hôpitaux de Paris), capable de réaliser 4 000 tests en 24 heures, dans les jours à venir. Celle-ci dispose de machines de tests « industriels » qui permettraient ainsi de réaliser à la chaîne les tests en double, nasopharyngés et salivaires puisque, a priori, il suffirait d’insérer les tubes contenant le crachat dans les machines automatisées, afin de comparer les résultats des deux méthodes.

Parmi la dizaine de prélèvements doubles, deux tests nasopharyngés se sont révélés négatifs alors que le test de crachat salivaire, réalisé le même jour, était, lui, positif. « Cela laisse augurer que les tests sur les crachats salivaires pourraient pallier la marge d’erreur des tests PCR prélevés par le nez, car ils semblent plus sensibles, au moins en fin de maladie », suppose Marie-Claude Potier.

Cela rejoindrait les conclusions des chercheurs de l’université américaine Yale qui ont détecté la présence du virus dans la salive de sujets atteints du Covid-19, alors qu’il était passé inaperçu avec le test de dépistage habituel, comme le rapporte la revue scientifique Nature. L’article interpelle aussi Éric Caumes, chef du service de maladies infectieuses à la Pitié-Salpêtrière. Il se demande pourquoi la piste des tests salivaires n’a pour l’heure pas été empruntée, alors qu’« ils ne cumulent aucun des risques des tests effectués via un prélèvement par le nez ».

« La salive semble pertinente, il y a de nombreuses publications récentes qui le montrent : la salive peut contenir autant, voire plus de virus que le prélèvement nasopharyngé, mais surtout possiblement plus tôt chez les asymptomatiques et post-symptômes. En conséquence, il s’agit bien d’un prélèvement d’intérêt pour la détection du Covid-19 », confirme aussi le Care à Mediapart. Un de ses membres, Franck Molina, est d’ailleurs chargé du projet EasyCov, un test de dépistage salivaire rapide (lire aussi l’article de Lucie Delaporte ici).

La piste est prometteuse, le conseil scientifique du gouvernement en convient. La porte d’un prélèvement salivaire est ouverte, au même titre que le prélèvement nasopharyngé, par la Direction générale de la santé, dans un arrêté du 12 mai. Elle indique simplement à Mediapart : « À partir de l’analyse des résultats de performance de ces tests, et notamment de leur fiabilité, la question de leur utilisation pourra éventuellement être réévaluée. »

Car, pour l’instant, cela coince. Le CNR des Hospices civils de Lyon a publié une « mise au point » le 9 mai qui découragerait plus d’un chercheur de se lancer : il en a conclu que « les prélèvements salivaires standard ne répondent pas aux critères d’exigence requis par les biologistes et les cliniciens » car « les prélèvements salivaires avaient tous, à des degrés différents, une sensibilité de détection inférieure à celle des prélèvements nasopharyngés, et entraînaient parfois un fort risque de faux négatif ».

Sauf qu’à regarder de plus près la note de bas de page « Bilan prélèvements salivaires testés au CNR », son avis repose essentiellement sur un test effectué sur 14 personnes seulement, sans qu’il soit précisé si les tests nasopharyngés et salivaires ont été réalisés à partir de crachats ou de simple salive, le même jour, s’ils concernaient uniquement des cas positifs ou non… « C’est un torchon, dénué de tout sérieux scientifique », protestent à l’unisson Marc Sanson et Marie-Claude Potier.

« Une analyse (très limitée) a été faite, comparant prélèvement nasopharyngé et prélèvement simple de salive, par le CNR-Laboratoire associé des Hospices civils de Lyon », reconnaît le service communication de l’Institut Pasteur. « Ce que le CNR dit, c’est qu’avec les tests existants, la sensibilité est moindre. Le CNR ne dit pas que les tests salivaires ne sont pas intéressants mais il estime qu’ils doivent avoir les mêmes résultats en termes de sensibilité que les tests nasopharyngés », précise Christophe d’Enfert, directeur scientifique de l’Institut Pasteur.

« C’est malheureux que la mise en place des tests salivaires n’aille pas plus vite. Nous avons perdu du temps dans la stratégie de dépistage », regrette Marc Sanson. Des chercheurs poursuivent tout de même tant bien que mal leurs expériences dans leur coin, de leur propre initiative. Que cela soit à la Pitié-Salpêtrière ou dans une poignée d’autres établissements tels qu’à l’unité Inserm-Université de Rennes, qui précisait le 14 mai que « ces travaux sont en attente de financement ».

Interrogé par Mediapart, Cédric Carbonneil, chef du service d’évaluation des actes professionnels de la Haute Autorité de la santé (HAS), réagit quant à lui : « Nous surveillons les tests salivaires car ils ont un fort potentiel. Nous sommes très vigilants sur la littérature scientifique qui est encore assez peu documentée, ce qui explique que la HAS ne se positionne pas encore pour l’instant. » Aucune réticence de la part du conseil scientifique du gouvernement ni de la HAS, donc, au contraire. Reste à passer à l’action ou, au moins, à encourager la poursuite des recherches de cette solution qui pourrait pallier les ratés passés et actuels de la stratégie de dépistage menée.