Covid-19 (Coronavirus-2019nCoV) et crise sanitaire

Médiapart - Le Covid-19 est loin d’avoir épargné le continent africain

il y a 4 mois, par Info santé sécu social

AFRIQUE NOTE DE VEILLE

Les résultats d’enquêtes de séroprévalence menées dans six pays africains, qui viennent d’être rendus publics, montrent que le nombre officiel de cas confirmés sous-estime drastiquement la réalité des infections. Mais le nombre de morts est moins élevé que redouté.

Justine Brabant

24 décembre 2021 à 12h11

Comment le continent africain a-t-il échappé à l’hécatombe que tous les observateurs redoutaient ? Des modèles mathématiques avaient prédit, au début de la pandémie, une catastrophe sanitaire : de 300 000 à 3,3 millions de décès et jusqu’à 1,2 milliard d’infections. Ils tenaient notamment compte de la contagiosité de la maladie et du manque d’infrastructures médicales sur le continent.

Deux ans après le début de la pandémie, la situation est moins critique que prévu : un peu plus de 9 millions de cas pour 226 000 décès. En comparaison de l’Europe ou des Amériques, le continent ressemble même jusqu’à présent à un havre (relativement) préservé. Pourquoi ? Que cache cette « exception africaine » ?

Les enquêtes de séroprévalence sont un outil clé pour y répondre, une pièce indispensable du grand puzzle que tentent d’assembler les scientifiques. En recherchant la présence d’anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 dans des échantillons sanguins, ces enquêtes permettent d’établir combien de personnes ont été exposées au virus – et donc de déterminer si le faible nombre de décès est dû au fait que le virus a peu circulé en Afrique, ou bien s’il y a circulé mais n’a pas fait autant de dégâts que sur d’autres continents.

Le centre d’épidémiologie Épicentre, rattaché à l’ONG Médecins sans frontières (MSF), a rendu publics le 16 décembre les résultats d’enquêtes de séroprévalence menées dans six pays d’Afrique subsaharienne (Mali, Niger, Kenya, Soudan, République démocratique du Congo [RDC], Cameroun). Ils confirment ce que suggéraient jusqu’alors d’autres études, plus limitées : le continent n’a pas été épargné par le virus, qui y a largement circulé.

Chiffres officiels drastiquement sous-estimés
Les épidémiologistes d’Épicentre ont sélectionné cinq endroits où intervient Médecins sans frontières et pour lesquels les informations existantes sur le Covid-19 étaient peu nombreuses : une structure de santé à Koutiala (Mali), des hôpitaux et centres de santé de la région de Maradi (Niger), le camp de réfugiés de Dagahaley (Kenya), une commune de Khartoum (capitale du Soudan) et deux zones de santé de Lubumbashi (RDC). Ils les ont complétés avec une enquête sur l’ensemble du territoire camerounais et par une étude menée par l’Institut de recherche pour le développement (IRD) à Kinshasa (capitale de la RDC).

Au total, plus de 15 000 personnes ont été testées avec des tests rapides – parfois complétés par des tests en laboratoire – entre septembre 2020 et août 2021.

Malgré les variations des résultats par pays, une conclusion nette se détache : partout, le nombre de personnes infectées par le virus dépasse très largement celui de cas rapportés par les systèmes de surveillance officiels. Les chiffres de séroprévalence sont des dizaines, voire des centaines de fois supérieurs aux chiffres officiels nationaux.

Au Soudan, le nombre officiel de cas confirmés (en épidémiologie, le « taux d’attaque ») représente 0,08 % de la population totale du pays. Les tests menés par Épicentre révèlent pourtant 34 % de personnes séropositives dans la capitale, Khartoum. Au Mali, elles sont 25 % (contre 0,07 % de cas officiellement rapportés). Chez les personnels soignants testés au Niger, 42 % sont séropositifs au Covid-19 alors que le taux national officiel stagne à 0,02 %.

Qu’un écart existe entre les chiffres nationaux (qui s’appuient sur le nombre de cas confirmés) et les chiffres de séroprévalence est normal : aucun système de surveillance n’est suffisamment performant pour détecter tous les cas. Mais l’ampleur de cet écart n’en reste pas moins spectaculaire. D’autant que les chiffres de séroprévalence sont probablement encore plus élevés aujourd’hui : à l’époque où les enquêtes ont été menées, ni la vague du variant Delta, ni celle d’Omicron, n’étaient encore là.

Que veulent dire ces nouveaux chiffres ? D’une certaine manière, ils sont rassurants. Ils signifient que si l’Afrique ne semble pas déplorer autant de cas graves et de décès qu’ailleurs, ce n’est pas parce que le virus ne s’y est pas encore propagé – ce qui aurait été inquiétant pour la suite.

« Rien n’indique que le continent a été plus épargné qu’un autre » , relevait l’épidémiologiste Étienne Gignoux (Épicentre) en présentant les résultats de ces études le 16 décembre.

En revanche, il n’y a pas eu les mêmes conséquences qu’ailleurs, notamment en termes de décès. La science ne permet pas encore de dire avec certitude pourquoi. Mais la démographie du continent est une piste importante : 60 % de la population y a moins de 25 ans, et les jeunes sont moins susceptibles de développer de formes graves de la maladie.

« La structure d’âge de la population peut l’expliquer, sans doute en grande partie », même s’il y a « sûrement d’autres éléments qui nous échappent », confirme Emmanuel Baron, directeur d’Épicentre. Parmi les autres hypothèses évoquées par les chercheurs : l’existence sur le continent d’une forme d’immunité (une « immunité croisée ») causée par la circulation d’autres coronavirus, voire d’autres pathogènes.

Personnes âgées et soignants plus touchés
Les enquêtes de séroprévalence menées par Épicentre livrent également des enseignements sur le profil des personnes ayant été le plus infectées : les personnels soignants ainsi que les personnes âgées.

La première catégorie n’est pas particulièrement surprenante. La seconde, davantage. Ailleurs dans le monde, en Europe par exemple, les enquêtes de séroprévalence révèlent plutôt l’inverse : les personnes âgées sont moins touchées. Une particularité qui pourrait s’expliquer par une vie sociale plus intense des aînés sur le continent africain – là où ceux vivant en Europe sont plus isolés, avance Étienne Gignoux.

Cette spécificité est une source d’inquiétude pour les épidémiologistes, qui rappellent que les personnes les plus âgées sont aussi plus exposées à des risques de complications et de décès.

Le Covid aura tué en Afrique beaucoup plus indirectement que directement
Emmanuel Baron, directeur d’Épicentre

Dernier apport de ces enquêtes : des connaissances sur le taux de mortalité durant la pandémie. Pour la première fois, les scientifiques ont complété les tests de séroprévalence par des enquêtes dites de mortalité rétrospective, qui consistent à interroger un échantillon de ménages sur le nombre de morts parmi leurs proches sur une période donnée.

Ces enquêtes permettent de conclure à une « hausse de la mortalité [dans les pays concernés] pendant la pandémie », « particulièrement élevée chez les plus de 50 ans », mais avec des taux « qui restent en dessous des seuils d’urgence couramment utilisés dans les crises humanitaires », détaille Étienne Gignoux.

Toutes les personnes mortes pendant la pandémie en Afrique ne sont pas pour autant mortes du Covid, relèvent les chercheurs. « Le Covid aura tué en Afrique beaucoup plus indirectement que directement », avance le directeur d’Épicentre Emmanuel Baron. Parmi les morts « indirects », des personnes qui n’ont pas pu être correctement prises en charge pour d’autres pathologies (en Afrique comme ailleurs, la pandémie a entraîné une saturation des services de certains hôpitaux), des malades de la tuberculose victimes de retards de diagnostic, ou encore des décès liés aux conséquences sociales et économiques catastrophiques de la pandémie.

Pas de visibilité sur la protection immunitaire ni sur le nombre de cas graves
Ces nouveaux savoirs ne devraient pas se traduire, dans l’immédiat, par de grands revirements dans les politiques publiques des pays concernés – ni dans les opérations de MSF. Deux grands types de données manquent encore pour cela.

D’une part, des connaissances sur l’immunité. Le type de tests effectués par Épicentre ne permet pas de se prononcer sur le niveau de protection immunitaire des personnes concernées car les anticorps détectés dans leur organisme ne sont pas des anticorps dits neutralisants. Faute de savoir si les gens sont protégés, difficile de prendre des décisions drastiques sur l’assouplissement ou le durcissement des mesures de prévention vis-à-vis du Covid.

Deuxièmement, si ces enquêtes mesurent le nombre total de personnes ayant été exposées au virus, aucun indicateur fiable ne permet pour le moment de chiffrer spécifiquement le nombre de cas graves en Afrique. Or cette donnée est essentielle pour prendre les mesures adaptées contre la pandémie.

« C’est une question essentielle. En France, on pilote [les politiques publiques] à partir du nombre de formes graves, c’est le curseur utilisé », pointe Emmanuel Baron. Des données pourraient être établies à partir du nombre de personnes admises en réanimation mais ce chiffre, pour différentes raisons, est très difficile à obtenir en Afrique subsaharienne.

En attendant, Épicentre et son organisation de tutelle, MSF, se concentrent sur un autre chantier de taille : le débat autour des stratégies mondiales de vaccination. Depuis quelques semaines, la section française de l’ONG fait entendre, par petites touches, une voix dissonante sur le sujet. Elle estime « trop simpliste » la stratégie des Nations unies, qui veulent vacciner 40 % de la population mondiale avant fin 2021 et 70 % avant la mi-2022.

« L’idée de vacciner 70 % de la population est un peu folle » et « décalée par rapport aux priorités de santé des pays d’Afrique subsaharienne » qui sont bien plus affectés par d’autres maladies, abonde Emmanuel Baron. Tout en indiquant que son organisation est toujours en train de plancher sur le discours public qu’elle souhaite porter sur ce sujet « compliqué ».

Justine Brabant