Le Monde.fr : Covid-19 : le variant indien du coronavirus sème la confusion chez les scientifiques

L’OMS envoie des signaux contradictoires sur la dangerosité supposée du B.1.617, les spécialistes de la génétique restent encore très prudents sur sa vitesse de propagation.

Par Guillaume Delacroix

Publié le 02/05/2021

Au moment où l’Europe entame l’allègement des mesures de restriction contre l’épidémie de Covid-19, le variant dit « indien » du coronavirus, B.1.617 de son nom scientifique, a rejoint mardi 11 mai la liste des variants « préoccupants » tenue par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), sur laquelle figuraient déjà les variants britannique, brésilien et sud-africain.

Repéré à ce jour dans 49 pays, le B.1.617 est « plus contagieux » que la souche initiale du SARS-CoV-2 et il y a « des éléments qui permettent de penser qu’il atténue la réponse des anticorps qui permettent de combattre le virus », a déclaré Maria Van Kerkhove, responsable technique de la lutte contre le Covid-19 à l’OMS, pour justifier cette décision.

Ces propos n’ont pas vraiment mis un terme à la confusion qui règne autour du variant indien. Samedi 8 mai, la pédiatre indienne Soumya Swaminathan, scientifique en chef à l’OMS, avait parlé d’un variant « qui se propage très rapidement, qui est plus contagieux, et qui pourrait échapper aux protections vaccinales, contribuant ainsi à l’explosion de l’épidémie dans le pays ».

Le géant d’Asie du Sud détecte plus de 350 000 nouveaux cas de Covid-19 par jour depuis bientôt trois semaines et le nombre de morts quotidiens dépasse actuellement les 4 000. Mais dans les régions les plus durement touchées par la deuxième vague, le Maharashtra et sa capitale, Bombay, mais aussi Delhi, où un confinement strict de la population est en place, ainsi qu’au Pendjab et au Chhattisgarh, une tendance au reflux est observée depuis plusieurs jours.

Le Royaume-Uni touché
Lundi 10 mai, Mme Swaminathan a rétropédalé, expliquant que le variant indien « ne peut être tenu pour seul responsable de l’augmentation spectaculaire du nombre de cas et de décès observés en Inde », reconnaissant aussi que le pays a surtout « baissé sa garde » cet hiver, après la fin de la première vague épidémique. « Ce que nous savons maintenant, c’est que les vaccins fonctionnent, que les diagnostics fonctionnent, que les mêmes traitements que ceux utilisés pour le virus d’origine fonctionnent, et qu’il n’est donc pas nécessaire de changer quoi que ce soit », a-t-elle dit. Mardi 11 mai, le représentant de l’OMS en Inde, Roderico Ofrin, a invité à la retenue. Selon lui, le rôle joué par le variant dans l’explosion de l’épidémie « reste incertain ».

La communauté scientifique est elle-même hésitante. Au Royaume-Uni, pays où les différentes déclinaisons du variant indien – B.1.617, B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3 – ont été le plus repérées ces dernières semaines hors d’Inde, certains experts appellent le gouvernement à retarder les nouvelles levées de restrictions prévues à compter de lundi 17 mai. D’après le Public Health England, il apparaît que le variant indien est « au moins aussi contagieux » que le variant britannique découvert l’automne dernier dans le Kent, mais « on ne sait pas si, et dans quelle mesure, il peut réduire l’efficacité des vaccins ».

C’est apparemment le B.1.617.2 qui est en train de gagner du terrain outre-Manche, comme dans certaines régions de l’Inde. En cause, des arrivées de ressortissants indiens et pakistanais qui auraient donné lieu à l’apparition d’un cluster au sud de Manchester, en dépit de la quarantaine institutionnelle obligatoire de dix jours imposée depuis le 23 avril à tous les voyageurs en provenance du sous-continent.

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Le Wellcome Trust Sanger Institute, institut de recherche en génomique situé près de Cambridge, rapporte que le B.1.617.2 est actuellement identifié « dans plus de 10 % » des échantillons prélevés sur des personnes testées positives et faisant l’objet d’un séquençage génétique. Toutefois, avertit Jeffrey Barrett, statisticien dans cet établissement, « il est difficile d’en tirer des conclusions sur la transmissibilité du variant indien », parce que les données collectées sur le terrain ne représentent que « des poignées de séquences » et que « des centaines de cas » ont en réalité été importés de l’étranger en peu de temps, au moment où le Royaume-Uni se déconfinait.

Une mutation sous surveillance
Samedi 8 mai, les consortiums indien (INSACOG) et britannique (COG-UK) des laboratoires de génomique mobilisés sur le séquençage du SARS-CoV-2, ont publié sur la plateforme Biorxiv.org les résultats préliminaires de travaux communs sur la question. Il en ressort que le variant indien peut échapper « modestement » aux anticorps produits après vaccination, mais que son évasion immunitaire est « moindre » que celle des variants comportant la mutation E484K.

« Dans la grande majorité des cas, la maladie est bénigne. Des infections ont été signalées chez des personnes vaccinées, mais tous les vaccins protègent contre les maladies graves », souligne Anurag Agrawal, co-auteur de l’article et directeur de l’Institute of Genomics and Integrative Biology (IGIB) de Delhi.

Le B.1.617 et ses déclinaisons ont été parfois qualifiés de « double mutant » après leur découverte en octobre 2020, en raison de la présence notamment de deux mutations d’acides aminés désormais bien connues des spécialistes, E484Q et L452R, sur la protéine Spike du virus, celle qui sert de clé pour l’accès aux cellules humaines lors de la contamination. Aujourd’hui, c’est une autre mutation sur cette même protéine qui inquiète, la P681R.

« Nous pensons depuis quelques semaines que cette mutation est problématique. Des données expérimentales commencent à confirmer l’hypothèse selon laquelle elle faciliterait le processus d’entrée du coronavirus dans la cellule, par fusion de leurs membranes respectives. Par ailleurs, cette mutation favorise la fusion entres des cellules infectées et des cellules portant le récepteur au virus (ACE2), ce qui conduit à la destruction des cellules et perturberait la réponse anti-virale du corps infecté », précise Etienne Decroly, directeur de recherche au laboratoire Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB) du CNRS. Cet expert considère que le variant indien est « susceptible d’être plus pathogène que les autres variants ». Cependant, cela demande à être vérifié, notamment avec des données cliniques. Selon lui, il faut s’attendre, au cours des prochaines semaines, à « bien d’autres surprises ».