Par Eric Favereau
Selon une prépublication de scientifiques du Los Alamos National Laboratory, une deuxième souche du nouveau coronavirus, plus contagieuse, toucherait notamment l’Italie et le Royaume-Uni. La mutation pourrait expliquer les différences de dynamiques de la pandémie de Covid-19 selon les pays et rendre plus difficile l’élaboration d’un vaccin.
C’est un article pointu, très technique, prépublié (et donc pas encore relu et validé par les pairs) le 30 avril sur la plateforme BioRxyv. Il révèle qu’il y aurait deux souches de Sars-Cov-2 (le virus responsable du Covid-19) circulant depuis le début de la pandémie. « Cette mutation n’est pas nouvelle, mais ce qui l’est, c’est que l’une des deux souches, dans plusieurs pays, prend le dessus, et elle s’impose sur l’autre, explique à Libération Constance Delaugerre, virologue à l’hôpital Saint-Louis à Paris et professeure de virologie à l’université Paris-Diderot. Les auteurs [du Los Alamos National Laboratory, ndlr] montrent de façon convaincante que cette autre souche a des particularités. Et qu’entre autres, elle pourrait se montrer plus contagieuse. »
Pour y parvenir, les chercheurs ont développé ce qu’ils appellent « un pipeline d’analyse, pour faciliter le suivi des mutations en temps réel dans le Sars-Cov-2 ». En somme, ils ont fait une recension en temps réel des petites modifications que peut connaître tout virus quand il circule. Dans le flot, ils se sont concentrés essentiellement sur la protéine Spike (S), « car celle-ci intervient dans l’infection des cellules humaines ». En plus, cette protéine « est la cible de la plupart des stratégies vaccinales et des thérapies à base d’anticorps ». Et les chercheurs constatent : « Nous avons identifié quatorze mutations dans Spike qui s’accumulent. » Précisant que la mutation Spike D614G est essentielle, ils notent que celle-ci a commencé à se répandre en Europe début février et, une fois introduite dans de nouvelles régions, elle est rapidement devenue la forme dominante.
Ainsi en Italie, mais aussi en Royaume-Uni, elle serait très majoritaire, alors qu’en Allemagne, ce serait l’autre souche qui aurait dominé, comme d’ailleurs au Japon. Le cas de la France ne figure pas dans l’étude. Au final, « nous présentons des preuves de recombinaison entre des souches circulant localement indiquant des infections à souches multiples. Ces résultats ont des implications importantes pour la transmission du Sars-Cov-2, la pathogenèse et ces interventions immunitaires ». Si cela se confirme, cela pourrait expliquer la différence dans les dynamiques de l’épidémie. Mais en tout cas, cette mutation peut rendre aussi plus complexe l’élaboration d’un vaccin.
Eric Favereau
