Deux ou trois choses que l’on sait d’omicron
Paris, le dimanche 28 novembre 2021
Jeudi, l’Afrique du sud provoquait une onde de choc planétaire en annonçant la découverte d’un nouveau variant du SARS-CoV-2 potentiellement plus contagieux, plus pathogène et en partie résistant aux vaccins.
Depuis des cas ont été répertoriés un peu partout à travers le monde [mais aucun en France à cette heure] et une riposte, qui prend la forme d’une mise en quarantaine de l’Afrique australe, s’organise.
Un cluster inquiète particulièrement l’Europe, aux Pays-Bas où le nouveau variant a « probablement » contaminé certains des 61 passagers en provenance d’Afrique du Sud testés positifs au Covid-19 après leur arrivée vendredi, ont annoncé les autorités sanitaires néerlandaises samedi soir*. Il sera « définitivement déterminé si le variant omicron est impliqué » après de nouvelles analyses, dont les résultats devraient être connus dans la journée.
72 heures après cette première annonce, le JIM fait le point sur ce que nous savons sur ce variant baptisé omicron par l’OMS. Omicron, quinzième lettre de l’alphabet grec (à ne pas confondre avec Omega 24e et dernière lettre) plutôt que nu ou xi non attribuées par l’OMS, nu pour éviter la confusion avec new et xi probablement pour ne pas froisser le potentat chinois…
Transmissibilité
Le variant omicron présente 32 mutations, insertions ou délétions du gène de la protéine Spike dont notamment la mutation N501Y qui a été associée à l’augmentation de la transmissibilité des variants alpha, béta et gamma. Il présenterait au total une cinquantaine de mutations à l’intérieur de son génome.
Un indice épidémiologique semble corroborer cette hypothèse de la plus grande contagiosité de ce variant. Ainsi, l’Afrique du sud comptait 6 048 nouveaux cas de Covid hier…contre 887 le 20 novembre et 306 le 13 novembre.
Bien entendu ces chiffres ne reflètent que partiellement la réalité de l’épidémie (dans ce pays où le dépistage n’est peut-être pas optimal) mais leur évolution pourrait donner une idée de la haute contagiosité de l’omicron.
Symptomatologie ?
Le variant omicron présente également la mutation P681H qui est connue pour accroître la contagiosité et la pathogénicité du SARS-CoV-2. Pour l’heure, rien n’a été confirmé sur la gravité clinique.
Dans The Telegraph, le Dr Angélique Coetzee, présidente de l’Association médicale sud-africaine, rapporte des données très parcellaires mais rassurantes sur quelques cas d’infections par le variant omicron.
Selon, elle les symptômes seraient « inhabituels » mais « bénins ». Inhabituels car aucun de ces patients ne présentait d’anosmie et bénins, car pour aucun de ces malades on n’a dû recourir à une oxygénothérapie ou une hospitalisation.
Cependant, notons qu’il s’agissait tous de patients jeunes.
Échappement immunitaire ?
Des données biologiques suggèrent que certaines mutations d’omicron pourraient avoir également un impact sur l’efficacité de la réponse immunitaire.
Impossible, pour l’heure, de savoir ce qu’il en est dans la vraie vie, on pourra juste rapporter, encore une fois, l’observation du Dr Coetzee qui note que la moitié de la centaine de patients testés positifs pour le variant omicron en Afrique du sud ne sont pas vaccinés [28 % de la population de ce pays a bénéficié d’une vaccination complète].
Quoi qu’il en soit, la possibilité de disposer rapidement de vaccins adaptés à ce nouveau variant semble faire consensus. Le Pr Andrew Pollard, directeur de l’Oxford Vaccine Group affirme ainsi qu’un nouveau vaccin pourrait être développé "très rapidement" contre le variant omicron mais qu’il est "extrêmement improbable" que ce nouveau variant se propage fortement au sein de la population vaccinée.
Un optimisme que ne partage pas le Pr Cyrille Cohen (Université Bar-Ilan Tel Aviv) qui déclare dans Haaretz : « les anticorps et les cellules T peuvent être très sensibles aux modifications genetaiques, même s’il ne s’agit que d’une ou deux mutations. Plus il y a de changements génétiques, moins il y a d’anticorps jusqu’à ce que vous soyez laissé à nu en termes de capacité de réponse ».
Frédéric Haroche
