Le Monde.fr : Covid-19 : ce que l’on sait de la sévérité de l’infection à Omicron

PUBLIÉ LE03 JANVIER 2022

PAR MARC GOZLAN

Quel impact le variant Omicron a-t-il sur le taux des admissions et des hospitalisations ? Ce nouveau variant, initialement identifié au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, est-il aussi dangereux que le précédent variant Delta ? Plusieurs études, en provenance d’Afrique du Sud et du Royaume-Uni, ont été publiées. L’occasion de faire un point épidémiologique sur ce que l’on sait et sur ce qui reste à déterminer.

Publiée le 29 décembre 2021 sur la plateforme de prépublication SSRN de l’hebdomadaire médical The Lancet, une étude sud-africaine a analysé la sévérité clinique des patients hospitalisés pour une infection par le SARS-CoV-2 au cours des quatre premières semaines de la vague dominée par le variant Omicron. Celle-ci est la quatrième à frapper l’Afrique du Sud. Ce pays a en effet connu trois autres vagues. La première, imputable au variant ancestral (renfermant la mutation D614G), a sévi de juin à août 2020. La deuxième, due au variant Beta, a duré de novembre 2020 à janvier 2021. Quant à la troisième vague, liée au variant Delta, elle s’est étalée de mai à septembre 2021.

Dirigée par des épidémiologistes du National Institute for Communicable Diseases (NICD) de Johannesburg, cette étude a comparé la sévérité clinique des patients admis à l’hôpital pour une infection documentée par le SARS-CoV-2 au cours des quatre premières semaines de la quatrième vague dominée par Omicron avec celle observée lors des seconde et troisième vagues respectivement associées aux variants Beta et Delta.

Ces périodes correspondent à la première semaine où le taux d’incidence hebdomadaire a dépassé les 30 cas pour 100 000 habitants et les trois semaines suivantes. Cette durée de trois semaines a été choisie car elle correspond au délai maximum pour lequel on dispose des données concernant la quatrième vague due à Omicron, précisent les auteurs. L’analyse comparative ne porte donc pas sur la totalité des trois vagues précédentes mais se limite à comparer la situation actuelle à celle des quatre premières semaines de la seconde vague Beta et de la troisième vague Delta.

Cette étude a été menée dans la province de Gauteng, qui comprend les villes de Johannesburg et de Pretoria (également dénommée Tshwane). Cette région, la plus densément peuplée du pays, est celle dans laquelle le variant Omicron a été pour la première fois identifié en Afrique du Sud.

La sévérité de la maladie Covid-19 a été définie par l’apparition d’une insuffisance respiratoire aiguë, le recours à l’oxygénothérapie ou à une ventilation mécanique, un traitement en soins critiques ou en réanimation, ou bien encore la survenue d’un décès.

On sait que la sévérité clinique de la Covid-19 est notamment influencée par l’existence de comorbidités ou d’une infection antérieure par le SARS-CoV2 ou encore par le statut vaccinal. Avant la quatrième vague, la prévalence dans la province de Gauteng d’une infection antérieure par le SARS-CoV2 était de 73 %. Elle était estimée à 43 % avant la troisième vague associée au variant Delta. Par ailleurs, 31 % de la population adulte du Gauteng était complètement vaccinée (avec le vaccin Pfizer ou Astra Zeneca) le 14 novembre 2021, avant le début de la quatrième vague.

Données sud-africaines

Il s’avère que la proportion des cas de Covid-19 liés à Omicron admis à l’hôpital dans la province de Gauteng a été moindre que celle observée lors des deux précédentes vagues. Contrairement à ce qui a été observé lors de la phase précoce des vagues dominées par Beta et Delta, l’augmentation des cas n’a pas été accompagnée par une élévation concomitante des admissions hospitalières. Pour la période d’étude considérée, le pourcentage des cas admis était de 18,9 % durant la seconde vague Beta, de 13,7 % lors de la vague Delta et de seulement 4,9 % durant la quatrième vague Omicron. Cette différence était considérée comme statistiquement significative.

La maladie a été considérée comme sévère dans 60,1 % des cas lors de la seconde vague, dans 66,8 % des cas lors de la troisième et dans 28,8 % des cas lors de la quatrième vague due à Omicron. Plus précisément, la proportion de patients ayant eu recours à l’oxygénothérapie a été de 19,7 % lors de la quatrième vague Omicron versus 38,4 % lors de la seconde vague Beta et 48,8 % lors de la troisième vague Delta. Là encore, cette différence a été statistiquement significative. Par ailleurs, la durée moyenne de séjour à l’hôpital, qui avait été de sept et huit jours au cours de la deuxième et troisième vague, a été de quatre jours durant la quatrième vague Omicron, une différence significative sur le plan statistique.

Moindre sévérité parmi les patients hospitalisés

Il apparaît donc que les cas hospitalisés durant les quatre premières semaines de la quatrième vague dominée par le variant Omicron ont été moins sévères.

Plus précisément, l’analyse statistique indique que les patients admis lors de la quatrième vague Omicron présentent, par rapport à ceux admis lors de la troisième vague Delta, un risque environ trois fois moindre de présenter une forme sévère (OR=0,27, IC95% : 0,25-0,31). Les autres facteurs associés à une forme sévère étaient un âge avancé, le sexe masculin, la présence d’une comorbidité. Au total, le nombre des patients avec une forme sévère a donc été trois plus élevé lors de la seconde et troisième vague que lors de la vague Omicron.

Au cours de la quatrième vague Omicron, le taux de mortalité hospitalière était plus de quatre fois inférieur à celui observé lors des vagues dominées par le variant Beta ou Delta. Les dernières données montrent que le nombre de patients adultes admis à l’hôpital durant la quatrième vague a légèrement dépassé celui des vagues précédentes. L’impact hospitalier apparaît donc au moins aussi important qu’à l’époque.

Alors que le taux d’admission a nettement diminué durant la vague Omicron parmi les individus de plus de vingt ans, chez lesquels le taux de vaccination est plus élevé, ceci n’a pas été observé chez les moins de vingt ans, largement moins vaccinés.

Données pédiatriques

Au cours de la deuxième, troisième et quatrième vague, les enfants représentaient respectivement 3,9%, 3,5 % et 17,7 % de l’ensemble des admissions à l’hôpital. Cependant, lors des trois vagues Beta, Delta, Omicron, respectivement 7,1 %, 3,8 % et 6,1 % des enfants et adolescents de moins de vingt ans ont été admis à l’hôpital. Il apparaît donc que la proportion des cas était globalement similaire parmi les moins de vingt ans lors des trois vagues successives.

Enfin, lors des trois vagues successives, 22,5 % (69 sur 306 cas), 23 % (37 sur 161) et 20,4 % (172 sur 844) des individus de moins de vingt ans ont présenté une forme sévère, là encore dans des proportions similaires.

Ces données doivent être interprétées avec précaution. Tout d’abord, nous l’avons dit, du fait qu’elles ne reflètent que la phase précoce des vagues avant leurs pics, à un moment où le nombre de patients est relativement faible. Ensuite, la prudence s’impose du fait que les patients présentant une forme légère ont plus tendance à être admis à titre de précaution et peuvent donc artificiellement gonfler le chiffre des formes peu graves et ainsi diminuer la proportion relative des formes sévères. Enfin, il ne peut être exclu que des patients aient été admis à l’hôpital pour d’autres raisons mais dépistés positifs pour le SARS-CoV-2 de façon fortuite, là encore avec pour effet d’augmenter la proportion de formes non sévères.

Dans la mesure où ces résultats comparatifs ne concernent que la phase précoce des trois vagues, ils pourraient ne pas résumer ce que l’on observera sur la totalité de la vague Omicron. Seule l’analyse des données cliniques portant sur l’ensemble de la vague permettra d’y voir plus clair. En d’autres termes, disposer d’un panorama complet de la situation sur le plan clinique imputable au variant Omicron prendra forcément encore plusieurs semaines.

Nombreuses inconnues et incertitudes

D’autres considérations méritent d’être soulignées, de l’avis même des auteurs de l’étude. On ignore les raisons d’un taux d’admission moins élevé et d’une sévérité clinique plus faible d’Omicron parmi les patients hospitalisés lors de la vague Omicron. Est-ce le fait que ce nouveau variant serait moins virulent que Delta ? Cela tient-il à ce que les patients aient développé une immunité à l’occasion d’une infection antérieure par le SARS-CoV-2 ou parce qu’ils sont vaccinés, notamment pour ceux qui, après avoir été infectés, auraient reçu le vaccin ? Est-ce en rapport avec le fait que le variant Omicron infecte les cellules de l’arbre respiratoire supérieur plus facilement que les cellules des poumons, comme l’a montré une récente étude de chercheurs de Hong Kong ?

Surtout, rapporter des résultats sur la survenue de formes sévères et la mortalité hospitalière sans attendre un délai de plusieurs semaines d’hospitalisation et donc sans disposer d’un grand nombre de données sur le pronostic à plus long terme peut de facto contribuer à minimiser la véritable sévérité de la maladie due à Omicron, et ce d’autant plus que le séjour à l’hôpital des patients adultes peut être long. Dans cette étude, l’analyse a cependant inclus des patients dont le pronostic était connu et pour lesquels on disposait d’un suivi d’au moins une semaine.

Une donnée essentielle n’a cependant pas pu être évaluée dans cette étude sud-africaine, celle de l’impact de la vaccination sur la sévérité clinique de la maladie Covid-19 dans la mesure où les données de vaccination sont recueillies par un autre système que celui de la surveillance épidémiologique nationale. De fait, celui-ci renferme des données incomplètes sur les taux d’infection antérieure et de vaccination. Il convient également de noter que le 20 décembre 2021, le taux global de couverture vaccinale de la population adulte sud-africaine n’était que de 44 %. Il est cependant supérieur à 65 % chez les plus de 60 ans.

Enfin, en Afrique du Sud, le taux de réinfection (dont des données préliminaires montrent qu’il est élevé avec le variant Omicron) est largement sous-estimé, font remarquer les auteurs.

On le voit, à ce stade de nombreuses incertitudes et inconnues subsistent pour évaluer au mieux la sévérité de la maladie causée par le variant Omicron et ce d’autant qu’il ne faut pas perdre de vue que la population sud-africaine diffère dans sa pyramide des âges avec celles d’autres pays. On ne peut donc pas extrapoler au reste du monde les données d’Afrique du Sud, pays caractérisé par la jeunesse de sa population pour moitié âgée de moins de 26 ans. Il est également difficile d’appliquer directement ces résultats à des pays dans lesquels co-circulent les variants Delta et Omicron. En effet, en Afrique du Sud, la quatrième vague due à Omicron a débuté alors que les taux d’infection par le variant Delta étaient très bas, contrairement à ce que l’on observe en Europe. Enfin, c’est actuellement l’été en Afrique australe.

Seconde étude sud-africaine

Les résultats d’une autre étude sud-africaine, publiée le 30 décembre 2021 dans la revue américaine JAMA, vont dans le même sens que la première. Elle a comparé les caractéristiques et pronostics des patients hospitalisés en Afrique du Sud en comparaison à ceux des autres vagues. Elle a été menée parmi les patients admis dans 49 hôpitaux privés, appartenant au groupe hospitalier Netcare. Là encore, le taux d’admission aux urgences a été plus faible (41,3 %) lors de la quatrième vague Omicron que lors des trois vagues précédentes (entre 68 et 69 %). Les patients admis avaient significativement tendance à être plus jeunes lors de la vague Omicron (36 ans versus 59 ans lors de la vague Delta).

La proportion de patients en insuffisance respiratoire aiguë était moins élevée lors de la vague Omicron (31,6 %) que lors de la vague Delta (91,2 %). La proportion de patients nécessitant une oxygénothérapie a diminué de manière significative (17,6 % dans la vague 4 contre 74 % dans la vague 3), tout comme le pourcentage de patients sous ventilation mécanique. En outre, l’admission en soins intensifs était de 18,5 % dans la vague 4 contre 29,9 % dans la vague 3. Enfin, la durée médiane de séjour (entre sept et huit jours dans les vagues précédentes) a diminué à trois jours durant la vague Omicron. Le taux de décès, qui se situait à 29,1 % lors de la vague Delta, a chuté à 2,7 % pendant la vague Omicron.

Il convient néanmoins de souligner que 7 % des patients analysés étaient toujours hospitalisés à la fin de l’étude et que l’on ignore donc le pronostic final. Là encore, il n’est pas possible de différencier la proportion de patients admis pour Covid-19 de ceux admis à l’hôpital pour d’autres raisons puis dépistés positifs pour le SARS-CoV-2.

Données anglaises

Mais qu’en est-il du risque d’hospitalisation lié à l’infection par Omicron au Royaume-Uni, pays déjà confronté depuis plusieurs semaines à ce nouveau variant ? Des données ont été publiées le 31 décembre 2021 par l’Agence britannique de sécurité sanitaire (UK Health Security Agency, UKHSA). Elles reposent sur les données provenant du NHS (National Health Service) au moment de l’admission dans les services d’urgence et des notifications des décès à la UKHSA.

Il ressort que 815 hospitalisations liées à Omicron (sur la base du séquençage génomique, du génotypage ou du criblage PCR) ont été recensées en Angleterre en date du 29 décembre 2021. Près du tiers (260, soit 31,9 %) ont eu lieu à Londres. Au total, 57 patients, d’un âge compris entre 41 et 99 ans, sont décédés.

Parmi les cas d’infection à Omicron admis ou transférés dans un hôpital en Angleterre, région ayant un fort taux de couverture vaccinale, on observe que 25 % des patients ne sont pas vaccinés.

L’analyse statistique indique que le risque d’être hospitalisé avec Omicron est environ le tiers de celui avec Delta [1]. Le risque d’être admis à l’hôpital pour un cas d’infection par Omicron est inférieur pour les patients ayant déjà reçu deux doses de vaccin (65 % inférieur), comparé à ceux n’étant pas du tout vaccinés. Ce risque est encore moindre chez ceux ayant reçu trois doses (81 % inférieur) [2].

Distinguer risque d’hospitalisation et sévérité clinique

Cette analyse statistique n’a pas été ajustée pour tenir compte des comorbidités. En conséquence, ces données ne représentent pas la sévérité clinique de la maladie. Cette évaluation nécessitera donc plus de temps, soulignent les auteurs du rapport de l’UKHSA.

Les sous-analyses préliminaires ont estimé que le risque d’hospitalisation parmi les cas d’infection à Omicron chez les enfants d’âge scolaire (entre 5 et 7 ans) est moindre par rapport aux cas dus au variant Delta (58 % inférieur) [3]. Et les experts britanniques de déclarer qu’il est important de noter que ces risques inférieurs n’impliquent pas nécessairement un impact moindre sur le système hospitalier étant donné la croissance rapide d’Omicron et son niveau d’échappement immunitaire.

Pour l’instant, il apparaît donc que les données sur la sévérité d’Omicron sont relativement encourageantes. Cela dit, comme le souligne une étude publiée en ligne le mercredi 29 décembre sur le site de l’institut Pasteur, cette réduction du risque d’hospitalisation est peut-être liée en partie à la sévérité moindre du variant Omicron comparé au variant Delta, mais également au fait qu’Omicron, capable d’échappement immunitaire, infecte plus souvent des personnes déjà infectées ou vaccinées, et donc moins à risque de développer des formes graves.

Il importe donc de « bien prendre en compte cet historique d’infection passée ou vaccination dans l’analyse pour ne pas surestimer la réduction de la sévérité », insistent les modélisateurs de l’institut Pasteur. En d’autres termes, le risque existe de minimiser la sévérité réelle de ce variant du fait d’un très grand nombre d’infections modérées dues à Omicron. « À l’inverse, il est possible que ces études sous-estiment la réduction de la sévérité si les personnes infectées par Omicron sont moins testées si moins symptomatiques », ajoutent-ils.

Données écossaises

Une étude écossaise, publiée sous la forme d’un preprint sur le site web de l’université d’Edinburgh, fournit également quelques indications. Le premier cas confirmé d’infection à ce nouveau variant en Ecosse remonte au 23 novembre 2021. L’étude s’appuie sur les données de surveillance épidémiologique qui couvrent 5,4 millions de personnes (soit 99 % de la population écossaise).

Elle indique que le taux de réinfection possible par Omicron est 10 fois supérieur à celui de Delta. Les auteurs rapportent également 15 hospitalisations dues à Omicron (sur la base du criblage PCR). Ils estiment que ce taux d’admissions à l’hôpital correspond à une réduction des deux-tiers du risque d’hospitalisation par rapport à ce qui était attendu par rapport au variant Delta [4]. Il convient néanmoins de souligner qu’en raison du faible nombre des hospitalisations recensées dans cette étude de courte durée (1er novembre-29 décembre), il existe une très importante marge d’incertitude dans cette estimation. Là encore, il est nécessaire d’attendre plus longtemps avant de disposer de résultats consolidés.

Les résultats aujourd’hui disponibles, provenant d’études sud-africaines et britanniques, concernant la sévérité clinique de l’infection par Omicron ou à défaut le risque d’hospitalisation associé à ce variant, semblent donc indiquer qu’Omicron aurait moins tendance que Delta à entraîner des formes sévères. En outre, l’administration d’une troisième dose (rappel) serait associée à une meilleure protection contre les formes graves, comparée à une primo-vaccination complète (deux doses).

Impact très probable sur les systèmes hospitaliers

Tout ne se résume pas cependant, en matière de santé publique, à la seule appréciation du risque statistique de développer une forme sévère de Covid-19 liée au variant Omicron, d’autant que l’hôpital devrait également accueillir des patients présentant des formes moins graves. En tout état de cause, la très grande capacité de transmission associée à ce nouveau variant fait, malgré tout, craindre, du fait d’une augmentation mécanique des taux d’hospitalisation, une très forte hausse de la pression dans les hôpitaux.

L’Organisation mondiale de la santé a alerté sur un risque d’ « effondrement » des systèmes hospitaliers. En Israël, le général de brigade Reli Margalit, le chef de la ‘Covid Task Force’ de l’armée, qui regroupe les activités de testing, de contact tracing, de quarantaine et de renseignements, redoute également qu’il ne soit pas possible d’hospitaliser tous les patients qui devraient l’être. « Dans les semaines à venir, il y aura des dizaines de milliers de nouvelles infections par jour. Les chiffres seront fous. Le système de santé s’effondrera », prédit-il. Dans les semaines à venir, il prévient dans le quotidien Haaretz que « nos hôpitaux atteindront une réalité qui n’a jamais existé dans l’État d’Israël… De tous les problèmes, c’est la chose la plus inquiétante ».

En France, les modélisateurs de l’Institut Pasteur ont établi plusieurs scénarios selon le niveau de contagiosité et de sévérité attribué à Omicron ainsi qu’en fonction du comportement des Français. Dans l’hypothèse où la sévérité d’Omicron est deux fois plus faible que celle du virus historique (-77% par rapport au variant Delta), avec un avantage de transmission intermédiaire, le pic pourrait atteindre 2 700 hospitalisations quotidiennes sans ajustement des comportements. Ce pic passerait à 1 900 hospitalisations quotidiennes, un afflux considéré comme plus gérable, si les Français réduisaient leurs contacts de 10 %. Ce chiffre baisserait à 1 500 hospitalisations quotidiennes avec une réduction de 20 % des contacts.

Importance cruciale des gestes barrières et de la vaccination

Quelle que soit la sévérité intrinsèque de la maladie Covid-19 liée à Omicron par rapport au variant Delta, elle ne pourra être déterminée avec précision que dans quelques semaines. Néanmoins, une chose apparaît sûre : l’impact à venir de la vague d’infections à Omicron dépendra des comportements (respect de la totalité des gestes barrières) et du taux de couverture vaccinale.

L’UKHSA indique à ce propos que l’on observe, parmi les cas symptomatiques, une réduction du risque d’hospitalisation de 67 % jusqu’à 24 semaines après la deuxième dose de vaccin et de 51 % après 25 semaines ou plus après la deuxième dose. Une troisième dose est associée à une réduction du risque d’hospitalisation de 68 % (intervalle de confiance 95% de 52 à 82 %) par rapport aux non vaccinés.

Enfin, lorsqu’on tient compte de l’efficacité vaccinale contre les formes symptomatiques, l’efficacité du vaccin contre l’hospitalisation est estimée à 72 % 2 à 24 semaines après la deuxième dose, à 52 % 25 semaines ou plus après la deuxième dose et à 88 % 2 semaines après la troisième dose (rappel).

Marc Gozlan (Suivez-moi sur Twitter, Facebook, LinkedIn)

[1] HR=0,33, IC95% : 0,30-0,37.
[2] HR=0,19, IC95% : 0,15-0,23.
[3] HR=0,42, IC95% : 0,28-0,63.
[4] HR=0,32, IC95%:0,19-0,52.

Pour en savoir plus :

Waasila J, Salim Abdool K, Mudara C. Clinical Severity of COVID-19 Patients Admitted to Hospitals in Gauteng, South Africa During the Omicron-Dominant Fourth Wave (December 29, 2021). [Preprint] SSRN. doi : 10.2139/ssrn.3996320

SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing : Update on hospitalisation and vaccine effectiveness for Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529). UKSHA. 31 December 2021.

Maslo C, Friedland R, Toubkin M, et al. Characteristics and Outcomes of Hospitalized Patients in South Africa During the COVID-19 Omicron Wave Compared With Previous Waves. JAMA. 2021 Dec 30. doi : 10.1001/jama.2021.24868

Sheikh A, Kerr S, Woolhouse M, et al. Severity of Omicron variant of concern and vaccine effectiveness against symptomatic disease : national cohort with nested test negative design study in Scotland. [Preprint]. University of Edinburgh. Published 22 Dec 2021.

Andronico A, Tran Kiem C, Paolo Bosetti P, et al. Impact du variant Omicron sur l’épidémie COVID-19 et son contrôle en France métropolitaine durant l’hiver 2021-2022. Institut Pasteur. 27 décembre 2021.