Plusieurs articles rapportent que des dizaines de « co-infections Omicron et Delta » auraient été recensées à Chypre. Les experts sont assez sceptiques et privilégient un mélange accidentel d’échantillons, comme cela se produit « assez souvent ».

Par Nicolas Berrod
Le 10 janvier 2022

Deltacron est-il un nouveau variant particulièrement diabolique ou un « scariant », c’est-à-dire un prétendu virus simplement là pour faire peur, selon le terme du scientifique américain Éric Topol ? Vraisemblablement la réponse 2, selon les experts. Mais cette combinaison de Delta et d’Omicron (d’où ce nom de « Deltacron ») fait beaucoup réagir depuis quelques jours.

Ce que vous avez peut-être lu ou entendu
Tout est parti d’articles dans la presse chypriote, en fin de semaine dernière. « Il existe actuellement des co-infections Omicron et Delta et nous avons trouvé cette souche qui est une combinaison des deux », a notamment indiqué à Sigma TV Leondios Kostrikis, professeur de sciences biologiques à l’Université de Chypre et chef du Laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire, repris ensuite par l’agence Bloomberg. Le virus en question contiendrait à la fois des mutations de Delta, et d’autres d’Omicron. 25 cas de « Deltacron » au total ont été identifiés, dont 11 patients hospitalisés, selon le Cyprus Mail.

Les tests positifs en question ont été séquencés, c’est-à-dire que leur génome a été intégralement disséqué, puis ils ont été ajoutés sur la base internationale Gisaid.

Ce qu’en disent les experts
Les chercheurs qui y ont accès observent que ces prélèvements « ne se regroupent pas sur un arbre phylogénétique », selon Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres. Autrement dit, ils n’ont pas les mêmes liens de parenté. Il ne s’agirait donc pas d’un nouveau variant, mais plutôt d’une série de contaminations accidentelles à partir de différents échantillons d’Omicron.

L’explication pourrait venir d’une sorte de « mélange » entre plusieurs prélèvements en laboratoire. « Mélanger potentiellement de petites quantités (…) dans les laboratoires de séquençage - ce qui donne alors l’impression que le virus s’est mélangé en vie réelle - arrive assez souvent car de minuscules volumes peuvent entraîner ce problème », a indiqué Tom Peacock. Les 25 cas dont il est question pourraient ainsi avoir été séquencés le même jour au même endroit.

« L’analyse de Tom Peacock est très bonne. La distribution dans l’arbre de ces séquences est révélatrice, et ces problèmes de séquençage sont très fréquents, y compris avec Omicron », nous confirme Etienne Simon-Lorière, responsable de l’unité de génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur. Interrogé ce lundi matin sur RMC, le Pr Arnaud Fontanet a lui aussi « écarté » l’hypothèse d’un nouveau variant. Cependant, Leonidos Kostrikis a sa version dans un communiqué envoyé à Bloomberg dimanche soir.

Covid-19 : pourquoi le variant Delta va encore mettre les hôpitaux sous pression
En attendant d’y voir plus clair, l’émergence de véritables recombinants est quelque chose de tout à fait possible, depuis près d’un an. Cela peut survenir lorsque deux virus infectent la même cellule, et l’on se retrouve avec « le produit du croisement de deux virus parentaux », nous indiquait en mars dernier Vincent Maréchal, professeur de virologie à Sorbonne-Université. Un lignage recombinant entre les variants Alpha et Delta avait, par exemple, été identifié au Japon il y a quelques mois.

Un chercheur chypriote assure avoir identifié un nouveau variant, né d’une recombinaison entre Delta et Omicron.
Les experts estiment unanimement qu’il s’agit vraisemblablement d’une contamination accidentelle en laboratoire, un phénomène qui peut être assez courant lors du séquençage.